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使用 iCAMP 的 RC.pc function 的“大小”参数无效

[英]Invalid 'size' argument using RC.pc function of iCAMP

原文 2021-01-25 19:46:13 9 0 r/ size/ normalization

I'm using the RC.pc function form iCAMP package witch works well on my raw ASV data.我正在使用来自RC.pc package 的iCAMP function 女巫在我的原始 ASV 数据上运行良好。 But when i rarefy and normalized my data with log and hellinger, I have the error:但是当我用 log 和 hellinger 对我的数据进行稀疏和标准化时，我遇到了错误：

Error in checkForRemoteErrors(val): 4 nodes produced errors; checkForRemoteErrors(val) 中的错误：4 个节点产生错误； first error: invalid 'size' argument第一个错误：无效的“大小”参数

I've tried with the phyloseq data set GlobalPatterns and i'm facing the same issue.我已经尝试过使用phyloseq数据集GlobalPatterns并且我面临着同样的问题。 Any suggestion on how to solve this problem?关于如何解决这个问题的任何建议？

library(vegan)
library(phyloseq)
library(iCAMP)
data(GlobalPatterns)
sort(sample_sums(GlobalPatterns))
GlobalPatterns <- rarefy_even_depth(GlobalPatterns,sample.size = 50000)
count <- t(as(otu_table(GlobalPatterns), "matrix"))
count <- log1p(count)
count <- as.data.frame(decostand (count, 'hellinger'))
RCbray <- RC.pc(count, rand = 1000, weighted = TRUE)

0 个解决方案

使用 rep() 函数时无效的“时间”参数 - invalid 'times' argument when using rep() function

sample.int（length（x），size，replace，prob）中的错误：无效的'size'参数；当我使用EvaluationScheme - Error in sample.int(length(x), size, replace, prob) : invalid 'size' argument ; when i using evaluationScheme

function 因无效参数而被执行 - function is getting executed for a invalid argument

R，在使用订单函数时给一元运算符一个无效的参数 - R, getting an invalid argument to unary operator when using order function

使用 geom_raster 函数返回无效的“类型”（列表）参数 - Using geom_raster function returns invalid 'type' (list) of argument

在子集 function 中使用 select=-c() 会产生错误：一元运算符的参数无效 - Using select=-c() in subset function gives error: invalid argument to unary operator

如何修复 rep(0, nobs) 中的错误：在使用预测 function 用于 model 绘图时，“times”参数无效 - How to fix Error in rep(0, nobs) : invalid 'times' argument when using predict function for model plots

使用methylumIDAT时出错，readBin的n参数无效 - error using methylumIDAT, invalid n argument for readBin

使用 lmer 和预测时无效的“时间”参数 - invalid 'times' argument when using lmer and predict

“无效参数类型”通过 function 的参数传递 html 颜色 - "invalid argument type" passing html colour through argument of function

暂无

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