我正在尝试在Colab环境中运行LAMMPS脚本。 但是，每当我尝试对来自RIGID package 的 arguments 使用fix命令时，控制台都会给我同样的错误。 我测试了不同的安装和构建方法，例如通过apt存储库和CMAKE ： Method 1 Method 2 我还通过使用file() ...
我正在 800,000 个原子的系统中使用 gpu 进行松弛计算。 有时，我会收到以下错误。 你能告诉我原因以及如何解决吗？ ...
我正在尝试对 windows 上的灯进行模拟。 在我尝试使用命令提示符通过将 - “lmp_serial -in in.crack” 写入文件目录来运行它之后，我收到以下错误。 它在proc 0上显示错误：无法在.crack中打开输入脚本：没有这样的文件或目录（src/lammps.cpp.494 ...
我在WIndows 10上安装了LAMMPS，对GPU进行计算。在很小的尺度上计算没有任何问题，但是在计算某个尺度的结构时，出现如下错误。 文件“/home/akohlmey/compile/lammps-packages/mingw-cross/lammps/lib/gpu/geryon/ocl ...
问题定义：我想构建半径为 40 埃（4nm）的磁赤铁纳米粒子（γ Fe2O3）的球形纳米粒子。 我有大型散装系统的 lammps 数据文件（复制：10 10 10, 160000 个原子）。 我是 python 的初学者，但我设法在 python 中编写了代码VMD 中的 output 我明白我做错 ...
我在尝试将此软件用作 python 库时遇到了麻烦。 The instructions that appear in the LAMMPS' site ( https://lammps.sandia.gov/doc/Python_head.html ) seem to meant to be f ...
我想添加一个取决于原子位置的力场。 我试图计算原子 position，将其用作变量，然后设置力场，但我得到了消息： 错误：修复 addforce 的变量名不存在我试过的代码是： ...
我正在尝试使用自制软件在我的 M1 Macbook Pro 上安装灯泡。 但是每次我执行 $brew install lammps$ 命令时，它都会显示：瓶子不可用。 我想知道这是兼容性问题吗？ 或者我在这里缺少的一些简单的东西？ 需要注意的是，我对灯泡真的很陌生。 谢谢，任何帮助将不胜感激。 ...
最近我在我的 M1 Mac mini 上做一些分子动力学模拟 (LAMMPS)。 对于一个简单的任务，我使用命令： 我相信这意味着单CPU计算。 我需要 4 分 45 秒的运行时间。 然后我尝试使用 4 个内核运行： 我需要 1 分 51 秒。 但是当我使用 8 个内核时： 它没有跑得更快，花了我 ...
我正在尝试将 DREIDING 力场用于 polymer。 如何获取 DREIDING 的参数？ 例如，如果我有乙烯。 力场的参数是什么？ 是否有任何数据库可以获取它们或任何软件？ ...
我是编程和分子动力学模拟的新手。 我正在使用 LAMMPS 来模拟物理气相沉积 (PVD) 过程并确定不同时间步长中原子之间的相互作用。 在我进行分子动力学模拟后，LAMMPS 为我提供了一个 output键文件，其中包含每个原子的记录（作为原子 ID）、它们的类型（与特定元素交互的数字）以及与这 ...
我有一个大文本文件，内容如下： 一共有5组2000行数据，我希望python可以读取和写入5个不同的文本文件。 像这样： 在线浏览我发现以下内容： 有效地从python中的大型文本文件中读取节 哪个问题与我的类似，但是，此函数出现以下错误： 我认为这是由于我的输 ...
我刚刚开始使用lammps而且我在阅读tersoff时遇到了麻烦。 数据。 我该怎么解决呢 我收到了这个错误 ...
我有一个lammps_file.data，我需要将其转换为Gromacs文件（gro和top）以运行模拟。 有谁知道如何做到这一点？ 另一个选择是从lammps转换为charmm文件（psf和pdb）。 一旦获得了魅力文件，就可以使用Topotools来获取所需的gromacs文件。 ...
我一直在互联网上搜寻此答案，但找不到。 关键是，我有一张AMD（R9 380）显卡。 从我在lammps手册上阅读的内容来看，gpu软件包仅适用于NVIDIA卡，因为AMD没有cuda内核。 但是它们也有一个Makefile.linux_opencl，从理论上讲，它将与AMD卡一起使用。 ...
我尝试在较新的11Aug17版本的部门计算机上安装lammps。 但是，mpicxx为以下行提供了错误： mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64 -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 ...
我有一个与LAMMPS交互的源代码。 但是，由于超出了本论坛的讨论范围，我必须维护我的代码的两个有效版本，每个版本都与不同版本的LAMMPS兼容。 因此，我需要从同一代码编译两个库：每个库都是根据相应的LAMMPS源代码编译的。 我该如何在CMake中做到这一点？ 所以问题是，假设您 ...
我正在尝试从终端（OSX）调用LAMMPS软件包。 这里的文档似乎表明在Mac OSX下它将“正常工作”，并且在这里他们使用以下命令连接到库 我通过此简约文档使用homebrew安装了脚本，并检查了安装是否正确。 我觉得这是更熟悉自制软件的人可能可以快速回答的问题 ...
我想将pmma85compositedata.initeq转换为lammps可接受的数据文件，但我遇到此错误： 错误： ...
我正在尝试在GPU中安装LAMMPS。 按照http://lammps.sandia.gov/doc/accelerate_gpu.html中给出的步骤进行操作后，我完成了步骤（a）并得到了文件-libgpu.a和Makefile.lammps。 当我尝试进行第二步（在make yes- ...