在R中使用％dopar％代替％do％时出错（软件包doParallel）

Question

我提出了一个奇怪的错误。 假设我在名为data的列表中有10个xts对象。 我现在使用搜索每三个组合

   data_names <- names(data)
   combs <- combn(data_names, 3)

我的基本目标是在这1080个三元组上进行PCA。 为了加快速度，我想使用软件包doParallel 。 因此，这里的代码段缩短到了发生错误的地步：

list <- foreach(i=1:ncol(combs)) %dopar% {
    tmp_triple <- combs[,i]

    p1<-data[tmp_triple[[1]]][[1]]
    p2<-data[tmp_triple[[2]]][[1]]
    p3<-data[tmp_triple[[3]]][[1]]

    data.merge <- merge(p1,p2,p3,all=FALSE)
}

在这里，合并功能似乎是问题所在。 错误是

任务1失败-“无法将类'c（“ xts”，“ zoo”）'强制转换为data.frame”

但是，将％dopar％更改为常规串行％do％时，一切正常。

直到现在，我仍无法找到解决该问题的任何方法，甚至不确定要寻找什么。

Answer 1

一个更好的解决方案是使用foreach（）函数的.packages参数，而不是在函数中显式加载库：

list <- foreach(i=1:ncol(combs),.packages=c("xts","zoo")) %dopar% {
    tmp_triple <- combs[,i]

    p1<-data[tmp_triple[[1]]][[1]]
    p2<-data[tmp_triple[[2]]][[1]]
    p3<-data[tmp_triple[[3]]][[1]]

    data.merge <- merge(p1,p2,p3,all=FALSE)
}

Answer 2

问题可能是您没有在每个工人上都调用library(xts) 。 您没有说您正在使用什么后端，所以我不能百分百确定。

如果那是问题，那么此代码将解决此问题：

list <- foreach(i=1:ncol(combs)) %dopar% {
    library(xts)
    tmp_triple <- combs[,i]

    p1<-data[tmp_triple[[1]]][[1]]
    p2<-data[tmp_triple[[2]]][[1]]
    p3<-data[tmp_triple[[3]]][[1]]

    data.merge <- merge(p1,p2,p3,all=FALSE)
}

Answer 3

foreach％dopar％问题的快速解决方案是重新安装以下软件包：

install.packages("doSNOW")

install.packages("doParallel") 

install.packages("doMPI")

这些是R中并行性的原因。这些软件包的旧版本中存在的错误已被删除。 就我而言，它奏效了。