无法存储循环结果

Question

我有一个data.frame，我尝试对其进行测试（使用WilcoxRankSum-Test）第一行和第二行，然后测试第三行和第四行，依此类推。 因此，我写了一个循环。 因为我必须将其应用于多个数据帧，所以我创建了一个函数来存储此循环并在以后将其应用于其他循环。 我尝试过几次重设括号{}或按照其他几个线程中的建议用sapply替换pval[i] 。

在我看来，循环效果很好。 但是循环无法访问pval 。 很抱歉打扰您一个常见的问题。 我是新手自学（全部来自线程;））。 但是我找不到问题。 如果您看到使生活更轻松的捷径，那么我真的很高兴收到任何评论。

这是我的代码：

ZP <- function(data){  
library(exactRankTests)
pval  <- vector(length=nrow(data))
k  <- seq(1,nrow(data)-1, by=2)
for (i in seq_along(k)) {
pval[i] <-  wilcox.exact(as.numeric(data[k[i],6:10]),
                           as.numeric(data[k[i]+1,6:10]), 
                           alternative = "greater", conf.level=0.95)$p.value 
return(pval)
}
} 

结果如下：

ZP(realdata)
 [1] 0.8492063 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
 [9] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
[17] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
[25] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000

我希望它看起来像这样，所以以后可以将其绑定到数据中：

ZP(realdata)
 [1] "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"    "pval"
[12] "0"    "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"   
[23] "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"    "pval" "0"   

我的数据如下：

      Proband Lauf Interleukin Ansatz  Zeitpunkt Data1 Data2 Data3 Data4 Data5
 1       1    1        IFNy   stim     ZP0         7     2     3     3     7
 2       1    1        IFNy    neg     ZP0         3     2     0     2     1

Answer 1

所以我终于有了循环工作。 一旦运行函数并将其应用于一组数据，它将返回我的值。 但是当R向我显示pval（我之前将其设置为0）时，它仍然为0。我似乎无法在函数外部访问pval。 它可能是我缺少的基本知识。

P <- function(x){  
  library(exactRankTests)
  pval  <- vector(length=nrow(x))
  k  <- seq(1, nrow(x), by=2)
  for (i in seq_along(k)) {
  pval[k[i]] <-  wilcox.exact(as.numeric(x[k[i],6:10]),
                              as.numeric(x[k[i]+1,6:10]), 
                              alternative = "greater", conf.level=0.95)$p.value} 
   return(pval)
}

Answer 2

这是一个策略，代码少了一点：

library(exactRankTests)
# sample data
realdata <- data.frame(matrix(rnorm(1000),nrow=40))

# odd row indices
x <- seq(1,nrow(realdata)-1,by=2)

pvals <- vector(length=length(x)) # empty vector
for(i in seq_along(x))
    pvals[i] <- wilcox.exact(as.numeric(realdata[x[i],]),
                             as.numeric(realdata[x[i]+1,]),
                             alternative="greater",
                             conf.level=0.95)$p.value

Answer 3

这样的尝试怎么样（可能可以通过wilcox.exact() ）？

# data <- iris[rep(1:50,each=2)+c(0,50),] # use some flowers for demonstration
p.vals <- as.numeric(by(data[,1:4],rep(seq(50),each=2), function(rowpair) 
    wilcox.test(rowpair[,1], rowpair[,2], alt="greater")$p.val))

顺便说一句：如果您只对p.val感兴趣，则指定conf.level=0.95似乎是可有可无的。