使用pyparsing解析嵌套结构

Question

我正在尝试解析生物序列中位置的特定语法。 这些职位可以有以下形式：

12           -- a simple position in the sequence
12+34        -- a complex position as a base (12) and offset(+34)
12_56        -- a range, from 12 to 56
12+34_56-78  -- a range as a start to end, where either or both may be simple or complex

我希望将这些解析为dicts，大致如下：

12          -> { 'start': { 'base': 12, 'offset': 0 },  'end': None }
12+34       -> { 'start': { 'base': 12, 'offset': 34 }, 'end': None }
12_56       -> { 'start': { 'base': 12, 'offset': 0 },
                   'end': { 'base': 56, 'offset': 0 } }
12+34_56-78 -> { 'start': { 'base': 12, 'offset': 0 }, 
                   'end': { 'base': 56, 'offset': -78 } }

我用pyparsing做了几次刺伤。 这是一个：

from pyparsing import *
integer = Word(nums)
signed_integer = Word('+-', nums)
underscore = Suppress('_')
position = integer.setResultsName('base') + Or(signed_integer,Empty).setResultsName('offset')
interval = position.setResultsName('start') + Or(underscore + position,Empty).setResultsName('end')

结果接近我想要的结果：

In [20]: hgvspyparsing.interval.parseString('12-34_56+78').asDict()
Out[20]: 
{'base': '56',
'end': (['56', '+78'], {'base': [('56', 0)], 'offset': [((['+78'], {}), 1)]}),
'offset': (['+78'], {}),
'start': (['12', '-34'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [((['-34'], {}), 1)]})}

两个问题：

1. asDict（）仅适用于根parseResult。 有没有办法哄骗pyparsing返回一个嵌套的dict（只有那个）？

2. 如何获得范围结束和位置偏移的可选性？ 位置规则中的Or（）不会削减它。 （我在范围的末尾尝试了类似的方法。）理想情况下，我会将所有位置视为最复杂形式的特殊情况（即{start：{base，end}，end：{base，end}}），更简单的情况下使用0或None。）

谢谢！

Answer 1

一些一般的pyparsing技巧：

Or(expr, empty)最好写为Optional(expr) 。 此外，您的Or表达式尝试使用类Empty创建Or，您可能打算为第二个参数写入Empty()或empty 。

expr.setResultsName("name")现在可以写为expr("name")

如果要将结构应用于结果，请使用“ Group 。

使用dump()而不是asDict()来更好地查看已解析结果的结构。

这是我如何建立你的表达式：

from pyparsing import Word, nums, oneOf, Combine, Group, Optional

integer = Word(nums)

sign = oneOf("+ -")
signedInteger = Combine(sign + integer)

integerExpr = Group(integer("base") + Optional(signedInteger, default="0")("offset"))

integerRange = integerExpr("start") + Optional('_' + integerExpr("end"))


tests = """\
12
12+34
12_56
12+34_56-78""".splitlines()

for t in tests:
    result = integerRange.parseString(t)
    print t
    print result.dump()
    print result.asDict()
    print result.start.base, result.start.offset
    if result.end:
        print result.end.base, result.end.offset
    print

打印：

12
[['12', '0']]
- start: ['12', '0']
  - base: 12
  - offset: 0
{'start': (['12', '0'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [('0', 1)]})}
12 0

12+34
[['12', '+34']]
- start: ['12', '+34']
  - base: 12
  - offset: +34
{'start': (['12', '+34'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [('+34', 1)]})}
12 +34

12_56
[['12', '0'], '_', ['56', '0']]
- end: ['56', '0']
  - base: 56
  - offset: 0
- start: ['12', '0']
  - base: 12
  - offset: 0
{'start': (['12', '0'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [('0', 1)]}), 'end': (['56', '0'], {'base': [('56', 0)], 'offset': [('0', 1)]})}
12 0
56 0

12+34_56-78
[['12', '+34'], '_', ['56', '-78']]
- end: ['56', '-78']
  - base: 56
  - offset: -78
- start: ['12', '+34']
  - base: 12
  - offset: +34
{'start': (['12', '+34'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [('+34', 1)]}), 'end': (['56', '-78'], {'base': [('56', 0)], 'offset': [('-78', 1)]})}
12 +34
56 -78

Answer 2

实际语法是否比您的示例更复杂？ 因为解析可以在纯Python中相当容易地完成：

bases = ["12", "12+34", "12_56", "12+34", "12+34_56-78"]

def parse_base(base_string):

    def parse_single(s):
        if '-' in s:
            offset_start = s.find("-")
            base, offset = int(s[:offset_start]), int(s[offset_start:])
        elif '+' in s:
            offset_start = s.find("+")
            base, offset = int(s[:offset_start]), int(s[offset_start:])
        else:
            base = int(s)
            offset = 0
        return {'base': base, 'offset': offset}

    range_split = base_string.split('_')
    if len(range_split) == 1:
        start = range_split[0]
        return {'start': parse_single(start), 'end': None}
    elif len(range_split) == 2:
        start, end = range_split
        return {'start': parse_single(start),
                'end': parse_single(end)}

输出：

for b in bases:
     print(parse_base(b))

{'start': {'base': 12, 'offset': 0}, 'end': None}
{'start': {'base': 12, 'offset': 34}, 'end': None}
{'start': {'base': 12, 'offset': 0}, 'end': {'base': 56, 'offset': 0}}
{'start': {'base': 12, 'offset': 34}, 'end': None}
{'start': {'base': 12, 'offset': 34}, 'end': {'base': 56, 'offset': -78}}