通过rpy2将列表从python传递到R

Question

我试图通过rpy2从python内部对R包（ ks ）进行简单的调用。 这是我要实现的目标：

import rpy2.robjects as robjects

# Define two matrices.
matrix1 = [[1,1,1,1], [3,3,3,3]]
matrix2 = [[1,1,1,1], [3,3,3,3]]

# Call 'ks' function to obtain p_value.
p_val = robjects.r('''
library(ks)
kde.test(x1=matrix1, x2=matrix2)$pvalue''')

print p_val

我尝试遵循rpy2的文档，但是非常稀缺。 任何帮助，将不胜感激。

Answer 1

根据lgautier给出的答案发布我自己的答案，因为该答案无法正常工作。 我还通过传递nrow而不是固定它使它更通用。

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
ks = importr('ks')

kde_test = ks.kde_test

matr1 = [1., 3., 1., 3., 0.2, 1.5, 0.5, 1.3]
matr2 = [1., 3., 1., 3., 0.2, 1.5, 0.5, 1.3, 0.5, 4.6]  

m1 = robjects.r.matrix(robjects.FloatVector(matr1), nrow=int(len(matr1)/2), byrow=True)
m2 = robjects.r.matrix(robjects.FloatVector(matr2), nrow=int(len(matr2)/2), byrow=True)

res = kde_test(x1 = m1, x2 = m2)

pval = res.rx2('pvalue')

print float(str(pval)[4:])

所有的功劳归功于lgautier提出的解决方案，即使该解决方案起初没有起作用。

Answer 2

要获得包中的功能 ：

from rpy2.robjects.packages import importr
ks = importr('ks')

kde_test = ks.kde_test

建立矩阵 ：

import rpy2.robjects
Matrix = rpy2.robjects.r.matrix
from rpy2.robjects.vectors import IntVector
matrix1 = Matrix( IntVector([1,1,1,1, 3,3,3,3]), nrow=2)
matrix2 = Matrix( IntVector([1,1,1,1, 3,3,3,3]), nrow=2)

调用函数 ：

res = kde_test(x1 = matrix1, x2 = matrix2)

要提取列表中的命名元素 ：

pval = res.rx2('pvalue')