从数组perl索引字符串元素的值

Question

我有一个数组，其中包含一些DNA序列作为存储在其元素中的字符串。
例如： print $array[0]; 给出如下输出： ACTAG （＃每个序列中的第一个位置）。

我编写了这段代码，使我能够分析每个序列的第一个位置。

    #!/usr/bin/perl
$infile = @ARGV[0];
$ws= $ARGV[1];
$wsnumber= $ARGV[2];                  

open INFILE, $infile or die "Can't open $infile: $!";        # This opens file, but if file isn't there it mentions this will not open

my $sequence = ();  # This sequence variable stores the sequences from the .fasta file
my $line;                             # This reads the input file one-line-at-a-time

while ($line = <INFILE>) {
    chomp $line;

    if ($ws ne "--ws=") {
     print "no flag or invalid flag\n";
     last;
    }
     else {
        if($line =~ /^\s*$/) {         # This finds lines with whitespaces from the beginning to the ending of the sequence. Removes blank line.
        next;

    } elsif($line =~ /^\s*#/) {        # This finds lines with spaces before the hash character. Removes .fasta comment
        next; 
    } elsif($line =~ /^>/) {           # This finds lines with the '>' symbol at beginning of label. Removes .fasta label
        next;
    } else {
        $sequence = $line;

    $sequence =~ s/\s//g;               # Whitespace characters are removed


    @array = split //,$sequence;
    $seqlength = length($sequence);}
}

    $count=0;
foreach ($array[0]){
    if( $array[0] !~ m/A|T|C|G/ ){
        next;
        }
    else {
        $count += 1;
        $suma += $count;

         }
    }
}

但是我不知道如何修改$ array [0]以便为每个位置运行此代码（我只设法针对特定位置进行操作（在上面的示例中为第一个位置）。

有人能帮我吗？ 谢谢！

Answer 1

您只查看数组中的一个元素：

foreach ($array[0]){ ... } 

要遍历整个数组，请使用：

my @array = qw(ATTTCFCGGCTTA);

foreach (@array){
    my @split = split('');
    foreach (@split){
        die "$_ is not a valid character\n" unless /[ATGC]/;
        print "$_\n";
    }
}

Answer 2

不确定我是否了解得很好，但这就是您想要的吗？

假设@array按元素包含一个序列。

foreach my $seq(@array) {
    my @chars = split '', $seq;
    foreach my $char(@char) {
        if ($char =~ /[ATCG]/) {
            # do stuff
        }
    }
}