比较不同列的两个文件并打印不同列

Question

我想将file2的第二列与file1的第一列进行比较。 如果它们相等，我想将file1的第二列添加到file2 ，如output.txt所示。

文件2

chr5    ENST00000514151    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +

文件1

ENST00000512281    a
ENST00000504031    b
ENST00000776348    c

output.txt的

chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +

我可以比较文件

awk 'NR==FNR{a[$1];next}$2 in a{print}' file1 file2

这给出以下输出：

chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +
chr5    ENST00000512281    utr5    0    +

但是我不知道如何将file1的第二列添加到输出中。

Answer 1

您可以使用a[$1]=$2 file1中$2的值存储到数组中。 因此，您可以尝试：

awk '
   NR==FNR{ 
     a[$1]=$2 ; next }
   $2 in a {
     $1=$1 FS a[$2]
     print 
   }' file1 file2

输出：

chr5 b ENST00000504031 utr5 0 +
chr5 b ENST00000504031 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +
chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +

说明：

• 这个修改$1在file2使用$1=$1 FS a[$2]其中FS是默认字段分隔符，这是一个空间..然后重建的记录，以使得它可以通过被打印print后..
• 如果需要，可以将print简化为1 $2 in a { $1=$1 FS a[$2] }1
• 请注意，这将重建file2的记录，因此任何空格或制表符序列都将被截断为输出中的单个空格。 为了将原始格式保留在file2可以使用Gnu Awk版本4中的split()函数。