Python子进程-变量类型？

Question

我正在工作的python代码使用只能从Unix终端（Windows 7 OS，使用腻子终端）访问的某些程序，我已经看过无数篇文章，我知道有人问过类似的问题，但对我来说却无济于事。

这是代码

#written in Py 2.7

from subprocess import call

subject = open ('test_file1', 'r')
target =open ('test_file2', 'r')
output = open ('output_test.bla8', 'w')
call(['blat', '-prot', '-minScore=0', '-stepSize=5', '-repMatch=2253', '-minIdentity=0', '-out=blast8', subject, target, output])
subject.close()
target.close()
output.close()

我收到的错误是这样的：

TypeError: execv() arg 2 must contain only strings

所以有点解释，“ blat”是我正在调用的程序，所有-flags是我要传递给blat程序的参数，最后三个语句也是我需要进入程序的参数，但它们实际上指定了供程序读取/写入的文件。

如果不使用'subprocess.call'，有没有办法将参数值传递给实际上是文件的Shell命令？？ 当然，有一种简单的方法可以完成此操作，对于我的初学者来说，我只是不知道。 顺便说一下，我看了一下子流程文档，但是作为一个新手，我还是不太了解它http://docs.python.org/2/library/subprocess.html#subprocess.call

谢谢！！！

Answer 1

当您这样做时：

f = open('file','r')

您的Python进程正在打开文件并将文件句柄/对象存储在f中。 此打开的文件句柄/对象无法放在命令行上（无法键入），因此您从call那里收到了一个错误，后者带有命令行参数。

如果你的“BLAT”程序的文件名需要并打开在自己的进程文件，你应该删除open电话，只是把文件名直接进入call呼叫。 如果那不是blat所要做的，那么您需要了解它如何获取其数据并以这种形式传递它。

Answer 2

我使用以下代码解决了这个问题：

new_list= []
for file in os.listdir('.'):
    if fnmatch.fnmatch(file, '*.fa'):
    new_list.append(file)

input_file1 = new_list[0]
input_file2 = new_list[1]
blat =call(['blat', '-prot', '-minScore=0', '-stepSize=5', '-repMatch=2253', 'minIdentity=0', '-out=blast8', input_file1 , input_file1, 'output_test'])