如何在RStudio中调试（放置断点等）已安装的R包？

Question

我需要逐行运行一个函数来了解它是如何工作的。 但是该函数是已安装软件包的一部分，我不知道R在哪里存储已安装软件包的源（比如MultiPhen）。 我在Ubuntu 12（64it）中使用RStudio 0.98.501和R 3.0.2。 显然没有存储已安装软件包的源代码，对吧？ 抱歉，如果这是一个天真的问题，我是R的新手。如果没有存储源，无论如何都要重新安装一个包含源码并调试它（基本上放置一个断点）。

谢谢，

世界报

Answer 1

看看trace 。 下面是在基础包函数var中的第四个语句处添加断点的示例。 这里我们要求trace在第六个语句中调用函数browser ：

> trace(var, browser, at=6)
Tracing function "var" in package "stats"
[1] "var"
> var(1:10)
Tracing var(1:10) step 6 
Called from: eval(expr, envir, enclos)
Browse[1]> n
debug: if (is.data.frame(y)) y <- as.matrix(y) else stopifnot(is.atomic(y))
Browse[2]> n
debug: stopifnot(is.atomic(y))
Browse[2]> n
debug: .Call(C_cov, x, y, na.method, FALSE)
Browse[2]> n
[1] 9.166667

当你完成时，记得要untrace 。 你可以用trace来做相当复杂的事情，但在大多数情况下， trace(fun.name, browser)可能就足够了。

或者，您可以只加载包并在命令行上键入函数的名称，如下所示：

> var
function (x, y = NULL, na.rm = FALSE, use) 
{
    if (missing(use)) 
        use <- if (na.rm) 
            "na.or.complete"
        else "everything"
    na.method <- pmatch(use, c("all.obs", "complete.obs", "pairwise.complete.obs", 
        "everything", "na.or.complete"))
    if (is.na(na.method)) 
        stop("invalid 'use' argument")
    if (is.data.frame(x)) 
        x <- as.matrix(x)
    else stopifnot(is.atomic(x))
    if (is.data.frame(y)) 
        y <- as.matrix(y)
    else stopifnot(is.atomic(y))
    .Call(C_cov, x, y, na.method, FALSE)
}
<bytecode: 0x000000000928ad30>
<environment: namespace:stats>

然后，您可以将其复制到编辑器中并使用它，添加browser语句并逐步执行结果。

Answer 2

1. 我认为当你输入install.packages('MultiPhen')你得到了包的二进制版本。 我认为没有办法设置断点并通过该版本的包逐步执行代码。

2. 所有R软件包都是开源的，源代码可以在软件包的CRAN页面上找到。 例如， 这是MultiPhen的CRAN页面。 如果单击文本“Package source：”旁边的链接，则将下载源代码。

3. 在拥有源代码时要做什么：所有R包都具有相同的目录结构。 对于您的情况最重要的是，包的所有R代码都在名为“R”的目录中。

我建议从RStudio卸载软件包并在“R”目录中获取代码，设置断点并根据需要单步执行代码。

如果这可以解决您的问题，请告诉我们。

Answer 3

我发现了一种简单的方法。 首先编写一个脚本来调用该函数，然后设置一个断点。 运行脚本，然后在断点处停止。 然后你可以看到有不同的选项来运行代码。 下一行，进入函数，继续，停止......现在你可以逐行运行代码，并进入你的功能。