如何使用子例程在Perl中进行编码

Question

我需要按照某些条件对字符串补丁进行打分：

第1栏：B用于掩埋，E用于暴露-阈值：25％
第2栏：氨基酸
第3列：序列名称
第4栏：氨基酸编号
第5栏：相对表面可访问性-RSA
专栏6：绝对表面可及性
第7栏：用于RSA预测的Z-fit分数
列8：Alpha-Helix的概率
第9栏：β链的概率
第10栏：线圈概率

E K  132L_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE     1    0.716 147.261   1.150   0.016   0.005   0.979  
E V  132L_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE     2    0.514  79.033   1.252   0.191   0.086   0.723  
B F  132L_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE     3    0.134  26.793  -0.325   0.191   0.086   0.723  
E G  132L_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE     4    0.570  44.835   1.012   0.354   0.048   0.598  

记住，最后三列是Helix / Sheet / Coil的概率。

因此，首先，我们需要使用一些标准函数对某个残基是否属于Helix / Sheet / Coil进行分类。 最后3列内的机率...

然后我们得到结构偏好，我们需要对分成10个片段的序列进行评分...

我的评分标准是：

EXPOSED     = 1; # +1 for letters that exposed  
BURIED      = 0; #  0 for letters that are buried  
COIL        = 3; # +3 for any coil  
HELIX       = 2; # +2 for any helix  
SHEET       = 1; # +1 for any sheet  

下面的链接用于将字符串分成10〜11个小块

http://pastebin.com/GeW5AKF3

我面临的问题是，如上面的链接所示，我已经将字符串分成水平的补丁，但是文件是垂直对齐的……

感谢您的帮助.......等待回复

Answer 1

这应该可以帮助您：

open my $fh, "<", "input.txt";

my @data;
while(my $line = <$fh>) # If we got line from file
{
    chomp $line; # remove carraigereturn/linefeed
    my @parts = split /\s+/, $line; # split based on values seperated by one or more spaces
    push @data, [@parts] # Add array of split parts to data array
}

多数民众赞成将一切放入@data。 您可以这样访问它：

# now access whatever you want...
# example: line 3 column 6 (perl arrays start from 0 not 1):
print $data[2][5] . "\n"; #prints 26.793

# line 4 column 2:
print $data[3][1] . "\n"; #prints G

然后，您可以像这样进行排序。 （示例按Col1然后按Col5（RSA）排序：）

    @data = sort { if ( $a->[0] eq $b->[0] ) { $a->[4] <=> $b->[4] } else { $a->[0] cmp $b->[0] } } @data;

然后输出如下数据：

foreach my $line (@data)
{   
    foreach my $field (@$line)
    {
        print $field."\t";
    }
    print "\n";
}

输出为：

B   F   132L_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE 3   0.134   26.793  -0.325  0.191   0.086   0.723   
E   V   132L_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE 2   0.514   79.033  1.252   0.191   0.086   0.723   
E   G   132L_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE 4   0.570   44.835  1.012   0.354   0.048   0.598   
E   K   132L_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE 1   0.716   147.261 1.150   0.016   0.005   0.979