使用Python解析文件

Question

我正在尝试使用python解析对齐输出文件，但是我遇到了一些问题。

该文件具有三个主要的信息“块”，我想获取第三个块值，它们具有以下结构：

  I    J ILEN JLEN     MATCH  NGAPS  NALIG NIDENT    %IDENT       NAS     NASAL  NRANS     RMEAN     STDEV     SCORE

1    2  177  104    433.00      7    104     20     19.23    416.35    335.58      0      0.00      0.00      0.00      1

1    3  177  107    427.00      6    107     21     19.63    399.07    331.78      0      0.00      0.00      0.00      2

1    4  177  126    480.00      4    126     15     11.90    380.95    342.86      0      0.00      0.00      0.00      3

所以我写了这个：

infile=open('ig_pairs.out')

init=infile.readline()

while init[:6] !='  1542':

    line=infile.readline()

colnames=['I', 'J', 'ILEN', 'JLEN', 'MATCH', 'NGAPS', 'NALIG', 'NIDENT', '%IDEN$

file=open('ig_file.txt', 'w')

for c in colnames:
    file.write(c + '\t')

for line in infile.readline():

    I=line[5:7]
    J=line[9:11]
    ILEN=line[14:16]
    JLEN=line[19:21]
    MATCH=line[26:31]
    NGAPS=line[37:38]
    NALIG=line[43:45]
    NIDENT=line[50:52]
    IDEN=line[58:62]
    NAS=line[68:72]
    NASAL=line[77:82]
    NRANS=line[87:89]
    RMEAN=line[93:99]
    STDEV=line[105:109]
    SCORE=line[114:119]
    NUMBER=line[120:126]

   file.write('\n' + I + '\t' + J + '\t' + ILEN + '\t' + JLEN + '\t' + MATCH + '\t' + NGAPS + '\t' + NALIG + '\t' + NIDENT + '\t' + IDEN + '\t' + NAS + '\t' + NASAL + '\t' + NRANS + '\t' + RMEAN + '\t' + STDEV + '\t' + SCORE + '\t' + NUMBER)

file.close()

但是由于某种原因，它不起作用。 我没有收到任何错误消息，终端只是被阻塞，什么也没有发生。

有什么问题的主意吗？

Answer 1

看来这正在创建一个无限循环：

while init[:6] !='  1542':
    line=infile.readline()

您需要重置init变量，否则它始终可以评估为true。

将line = infile.readline()更改为init = infile.readline() 。

Answer 2

我猜问题出在：

for line in infile.readline()

您只读取一行，而不是全部行，因此line将是一个字符而不是一行，因为python会认为您正在遍历字符。

因此line[5:7]不会有任何意义。

采用

for line in infile.readlines()