通过cmd中的Python运行工具无需等待

Question

我正在cmd通过Python运行工具。 对于给定目录中的每个样本，我希望该工具执行某些操作。 但是，当我在循环中使用process = subprocess.Popen(command)时，这些命令不会等到其完成后立即出现10条提示。 当我使用subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE)该命令仍保持黑色，我看不到进度，尽管它确实等到命令完成。

有谁知道一种如何通过cmd Python调用外部工具的方法，该方法会等到命令完成并能够在cmd显示该工具的进度后，再执行此操作？

#main.py
        for sample in os.listdir(os.getcwd()):
            if ".fastq" in sample and '_R1_' in sample and "Temp" not in sample:
                print time.strftime("%H:%M:%S")
                DNA_Bowtie2.DNA_Bowtie2(os.getcwd()+'\\'+sample+'\\'+sample)

#DNA_Bowtie2.py
            # Run Bowtie2 command and wait for process to be finished.
            process = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE)
            process.wait()
            process.stdout.read()

编辑：命令= Perl或Java命令。 使用以上化妆，由于提示（Perl窗口或Java窗口）保持黑色，因此我看不到工具输出。

Answer 1

看来您的子流程是分叉的，否则，在流程完成之前，wait（）将无法返回。

Answer 2

这里的顺序很重要：首先读取输出，然后等待。

如果您这样做：

process.wait()
process.stdout.read()

如果管道缓冲区已满，您可能会遇到死锁：子进程在等待stdout时阻塞，并且永远不会到达末尾；您的程序在wait() ，阻塞而永远不会到达read() 。

改为

process.stdout.read()
process.wait()

直到EOF为止。

如果您根本不需要该过程的标准输出，这将适用。

如果您不希望这样做，则应省略stdout=PIPE内容。 然后将输出定向到该提示窗口。 然后，您也可以省略process.stdout.read() 。

通常， process.wait()应该防止立即运行10个实例。 如果那不起作用，我不知道为什么不...