捕获输出以流式传输并存储为字符串变量

Question

尽管这个问题与“ BioPerl”有关，但我认为这个问题可能比这更笼统。

基本上，我产生了一个Bio :: Tree :: TreeI对象，并且我试图将其转换为字符串变量。

我接近将其转换为字符串变量的唯一方法是使用以下命令将该树写入流中：

# a $tree = Bio::Tree::TreeI->new() (which I know is an actual tree as it prints to the terminal console)

my $treeOut = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick')
$treeOut->write_tree($tree)

-> write_tree的输出是“将树写到流上”，但是如何在字符串变量中捕获它，因为我找不到从Bio :: TreeIO中的任何函数返回字符串的另一种方法

Answer 1

您可以将标准输出重定向到变量，

my $captured;
{
  local *STDOUT = do { open my $fh, ">", \$captured; $fh };
  $treeOut->write_tree($tree);
}
print $captured;

Answer 2

通过为BioPerl对象设置文件句柄，有一种更简单的方法可以实现相同的目标，我认为这不算什么hacker。 这是一个例子：

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;
use Bio::TreeIO;

my $treeio  = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick', -fh => \*DATA);
my $treeout = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick', -fh => \*STDOUT);

while (my $tree = $treeio->next_tree) {
    $treeout->write_tree($tree);
}

__DATA__
(A:9.70,(B:8.234,(C:7.932,(D:6.321,((E:2.342,F:2.321):4.231,((((G:4.561,H:3.721):3.9623,
I:3.645):2.341,J:4.893):4.671)):0.234):0.567):0.673):0.456);

如您所料，运行此脚本会将newick字符串打印到您的终端。 如果您使用Bio :: Phylo （我推荐），则有一个to_string方法（IIRC），因此您不必创建仅用于打印树的对象，只需say $tree->to_string 。