使用 perl 数组作为 bash bedtools 命令的输入

Question

我想知道是否可以使用 perl 数组作为名为 bedtools ( http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ ) 的程序的输入

该数组本身是由bedtools 通过perl 中的反引号方法生成的。 当我尝试在另一个 bedtools bash 命令中使用 perl 数组时，它抱怨参数列表太长，因为它似乎将数组中的每个单词或数字视为单独的参数。

示例代码：

my @constit_super  = `bedtools intersect -wa -a $enhancers -b $super_enhancer`;

效果很好，可以通过以下方式查看：

print @constit_super 

在屏幕上看起来像这样：

chr10   73629894    73634938
chr10   73636240    73639574
chr10   73639726    73657218

但是如果我再次尝试在 Bedtools 中使用这个数组，例如

my $bedtools = `bedtools merge -i @constit_super`;

然后我收到此错误消息：

Can't exec "/bin/sh": Argument list too long

无论如何在bedtools中使用这个perl数组吗？

非常感谢

27/9/14 感谢您提供有关通过文件执行此操作的信息。 但是，很抱歉，如果可能的话，我真的很想不写文件就这样做。

Answer 1

我还没有测试过这个，但我认为它会起作用。

bedtools需要一个带有-i标志的参数，即.bed文件的名称。 这是在文档中。 您需要将数组写入文件，然后将其输入到bedtools merge命令中。

open(my $fh, '>', "input.bed") or die $!;
print $fh join("", @constit_super);
close $fh;

然后您可以使用文档中的此命令对其进行排序：

`sort -k1,1 -k2,2n input.bed > input.sorted.bed`;

最后，您可以运行合并命令。

my $bedtools = `bedtools merge -i input.sorted.bed`;

希望这能让你走上正轨。