Windows 64和GSL中的Cython

Question

我正在尝试编译以下pyx代码：

#declaring external GSL functions to be used
cdef extern from "math.h":
    double sqrt(double)

cdef double Sqrt(double n):
   return sqrt(n)

cdef extern from "gsl/gsl_rng.h":
   ctypedef struct gsl_rng_type:
       pass
   ctypedef struct gsl_rng:
       pass
   gsl_rng_type *gsl_rng_mt19937
   gsl_rng *gsl_rng_alloc(gsl_rng_type * T)

cdef gsl_rng *r = gsl_rng_alloc(gsl_rng_mt19937)

cdef extern from "gsl/gsl_randist.h":
   double gamma "gsl_ran_gamma"(gsl_rng * r,double,double)
   double gaussian "gsl_ran_gaussian"(gsl_rng * r,double)

# original Cython code
def gibbs(int N=20000,int thin=500):
   cdef double x=0
   cdef double y=0
   cdef int i, j
   samples = []
   #print "Iter  x  y"
   for i in range(N):
       for j in range(thin):
           x = gamma(r,3,1.0/(y*y+4))
           y = gaussian(r,1.0/Sqrt(x+1))
       samples.append([x,y])
   return samples

smp = gibbs()

这是我的setup.py文件的样子：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

import numpy
import sys

if sys.platform == "win32":
    include_gsl_dir = sys.exec_prefix+"\gsl\include"
    lib_gsl_dir = sys.exec_prefix+"\gsl\lib"
else:
    include_gsl_dir = sys.exec_prefix+"\include"
    lib_gsl_dir = sys.exec_prefix+"\lib"

ext = Extension("samplers", ["samplers.pyx"],
    include_dirs=[numpy.get_include(), 
                  include_gsl_dir],
    library_dirs=[lib_gsl_dir],
    libraries=["gsl","gslcblas","m"]
)
setup(ext_modules=[ext],
    cmdclass = {'build_ext': build_ext})

GSL文件包含在C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ include \\ gsl，C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ lib \\和C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ bin中。 因此，为什么setup.py文件包含对sys.exec_prefix的引用以获取python可执行文件所在的主Anaconda文件夹。

我如何将GSL与Cython链接有什么问题？ 当我跑步时：

 python setup.py build_ext --inplace

创建PYD文件时，当我尝试从创建pyd的同一文件夹中的python环境导入采样器时，出现了可怕的“ ImportError：DLL加载失败：找不到指定的模块”。

我认为它编译错误是因为它无法与GSL文件通信，或者pyx代码出了点问题。 我排除了后者，因为它可以成功编译pyd文件而不会出错。

我也尝试过与CythonGSL模块链接，但是如果您查看init .py，则Win32 gsl需要位于c：\\ Program Files \\ GnuWin32 \\ include中，并且我更喜欢在Anaconda文件夹中包含gsl库。 但是，将它们放在c：\\ Program Files \\ GnuWin32 \\ include仍然会给我同样的ImportError错误：DLL ...

Answer 1

当前版本的CythonGSL使用环境变量LIB_GSL来识别GSL的位置。 仅当LIB_GSL不存在时， LIB_GSL使用硬编码的c:\\Program Files\\GnuWin32\\include 。 因此，只要您设置了LIB_GSL就可以将GSL安装放在其他位置。 我认为设置LIB_GSL时应使用/而不是\\ 。

因此，您需要为CythonGSL创建/修改两个环境变量： LIB_GSL和PATH 。 我认为您可以在批处理文件中使用setlocal 。 例如，我认为您可以执行以下操作（我在C:\\lib64\\gsl安装了C:\\lib64\\gsl ）来临时设置它：

setlocal
SET LIB_GSL=C:/lib64/gsl
SET PATH=%PATH%;C:\lib64\gsl\bin;
Python

希望这会有所帮助。

Answer 2

我相信我已经解决了这个问题。

我的PATH变量无权访问GSL文件夹。 在运行时，它需要访问gsl / bin文件夹，因此我需要将C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ bin添加到系统路径变量中。 我已经尝试过setx PATH“％PATH％; C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ bin”，但这确实可行。 但是，当我关闭CMD窗口并重做时，它不再起作用。

当我使用它进行分发时，是否有通过批处理文件永久设置此设置的方法？ 我有用于conda构建的bld.bat文件，但即使在那里，setx命令也不起作用。