将列表元素追加到数据框列

Question

我有这个数据框：

       GO.ID Annotated Significant Expected P-value                   Term Ontology
1 GO:0000049         7           0     0.25  1.0000           tRNA binding       MF
2 GO:0000062         4           0     0.14  1.0000 fatty-acyl-CoA binding       MF

我有这个清单：

$`GO:0000049`
[1] "Solyc02g090860.2" "Solyc03g119280.2" "Solyc05g056260.2" "Solyc06g048610.2" "Solyc07g008950.2" "Solyc08g015960.2"
[7] "Solyc10g007060.2"

$`GO:0000062`
[1] "Solyc01g099350.2" "Solyc03g082910.2" "Solyc04g078090.2" "Solyc08g075690.2"

有什么方法可以将列表的元素打印到数据框的新列中？ 两种结构的顺序相同，我的意思是，GO.ID列作为列表元素进行排序。 我在寻找粘贴bash命令之类的东西。

我尝试过lapply并将列表导出到文件中。 然后使用write.table ，然后将命令paste到bash中。 但是我想知道是否有一种方法可以在R中完成这种工作。

是的，我是R world的新手。

编辑：

这是我想要的输出：

       GO.ID Annotated Significant Expected P-value                   Term Ontology           Gene_ID
1 GO:0000049         7           0     0.25  1.0000           tRNA binding       MF           Solyc02g090860.2,Solyc03g119280.2,Solyc05g056260.2,Solyc06g048610.2,Solyc07g008950.2,Solyc08g015960.2,Solyc10g007060.2
2 GO:0000062         4           0     0.14  1.0000 fatty-acyl-CoA binding       MF           Solyc01g099350.2,Solyc03g082910.2,Solyc04g078090.2,Solyc08g075690.2 

Answer 1

如果df是你的data.frame和lst您的列表，你可以这样做：

transform(df, Gene_ID=sapply(lst, paste0, collapse=',')[GO.ID])

Answer 2

（我很抱歉在这里使用dplyr 。所有这些操作都可以使用内置的R函数完成，但我不记得上次使用它们了）

library(dplyr)
library(tidyr)

# sample data
l <- list("GO.0000049" = c(1,2,3), "GO:0000062" = c(4,5,6))
df <- data.frame(GO.ID = c("GO.0000049", "GO:0000062"), Annotated = c(7,4), stringsAsFactors = F)

# actual magic
result <- gather(as_data_frame(lapply(l, function(x) paste(x, collapse=","))), "GO.ID", "Gene_ID") %>% inner_join(df)

您的result将是：

Source: local data frame [2 x 3]

       GO.ID Gene_ID Annotated
1 GO.0000049   1,2,3         7
2 GO:0000062   4,5,6         4