绘制R中的预测概率和置信区间

Question

这是我做的图，我想要该图的置信区间（上下限）。 到目前为止，我已经产生了上限和下限，但是在包含置信区间的图上存在问题。

这是我的数据的几行，gdk是我的二进制响应，第二个变量是年龄

               gdk    age prog      calender
29            FALSE    59 NASTK       11
30            FALSE    59 NASTK       10
91             TRUE    49 NMATK        9
129            TRUE    47 NFYSK        8
227           FALSE    46 LARAA       13
244            TRUE    44 LARAA       11
256            TRUE    41 LARAA        9
311           FALSE    38 NMATK        7
323           FALSE    42 NSFYY       11
393            TRUE    40 LARAA       11
449           FALSE    37 NSFYY        9
450           FALSE    38 NSFYY       10

这是我的第一个情节的代码：

prop<-numeric()
for (i in 18:60){prop[i-17]<-mean(both$gdk[both$age==i],na.rm=TRUE)}

mod.red.fin<-glm(respons ~prog+age+calender, family=binomial,data=both)
newdata<-data.frame(prog="NMATK",calender=7, age=18:60)
plot(18:60, predict(mod.red.fin, newdata, type="respons"))

为了增强信心，我使用了以下代码：

newdata<-data.frame(prog="NMATK",calender=7, age=18:60)
newdata2<-cbind(newdata, predict(mod.red.fin, newdata, type="link", se=TRUE))
newdata2<-within(newdata2, {PredictedProb<-plogis(fit)
                            LL<-plogis(fit-(1.96*se.fit))
                            UL<-plogis(fit+(1.96*se.fit))})

head(newdata2)
   prog    calender age    fit    se.fit  residual.scale        UL        LL   PredictedProb
1 NMATK        7    18 1.637162 0.2128354              1 0.8863833 0.7720644     0.8371484
2 NMATK        7    19 1.569661 0.2072370              1 0.8782376 0.7619639     0.8277353
3 NMATK        7    20 1.502160 0.2032196              1 0.8699448 0.7509808     0.8178965
4 NMATK        7    21 1.434660 0.2008779              1 0.8615687 0.7390311     0.8076263
5 NMATK        7    22 1.367159 0.2002708              1 0.8531708 0.7260410     0.7969207
6 NMATK        7    23 1.299658 0.2014139              1 0.8448057 0.7119527     0.7857774

然后如何绘制置信区间？ 需要帮助的代码。 检查了一下library(ggplot2)但没有提出任何东西。

Answer 1

如果要使用ggplot （可能是创建所需图形的最简单方法），请使用stat_smooth() geom。

但是，您对所需的绘图有疑问。 ggplot一次只能绘制1 个变量。 话虽这么说，下面是一些示例代码，应该让您声明：

d = read.table(header = TRUE, text =          
"              gdk    age prog      calender
             FALSE    59 NASTK       11
             FALSE    59 NASTK       10
              TRUE    49 NMATK        9
              TRUE    47 NFYSK        8
             FALSE    46 LARAA       13
              TRUE    44 LARAA       11
              TRUE    41 LARAA        9
             FALSE    38 NMATK        7
             FALSE    42 NSFYY       11
              TRUE    40 LARAA       11
             FALSE    37 NSFYY        9
             FALSE    38 NSFYY       10")
## Convert gkk from T/F to 1/0
d$gdk2 <- as.numeric(d$gdk)
library(ggplot2)

plot1 <- ggplot(data = d, aes(x = age, y = gdk2)) + 
            stat_smooth(method = 'glm', family = 'binomial') +
            theme_bw()

ggsave('plot1.jpg', plot1, width = 6, height = 4)

这给你这个情节：

plot2 <-ggplot（数据= d，aes（x =日历，y = gdk2））+ stat_smooth（方法='glm'，family ='二项式'）+ theme_bw（）

ggsave('plot2.jpg', plot2, width = 6, height = 4)   

这给你这个数字。

顺便说一句，我知道ggplot2可能很难学习。 我建议您查看此页面以获取更多信息。 另外，第一个Google命中“ confidence ggplot2”的东西是用于绘制信心区间的官方ggplot2文档 。