闪亮的服务器发生错误加载命名空间时没有软件包rcpp，但是安装了rcpp并在R中加载了闪亮的作品

Question

我最近试图在服务器上打开一个闪亮的服务器应用程序，但遇到了从未见过的错误。

   Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck     = vI[[j]]) : 
      there is no package called ‘Rcpp’
    Error: package or namespace load failed for ‘shiny’
    Execution halted

我假设更新损坏了某些东西。 但是，在我的计算机上启动R时， library(shiny)和library(Rcpp)加载没有问题。

因此，我尝试重新安装Shiny-server。 根据他们在这里的指示，但是我基本上得到了与上面相同的错误：

sudo su - \
> -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')
Installing package into â/usr/local/lib/R/site-libraryâ
(as âlibâ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/shiny_0.12.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1473559 bytes (1.4 MB)
==================================================
downloaded 1.4 MB

* installing *source* package âshinyâ ...
** package âshinyâ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
  there is no package called âRcppâ
ERROR: lazy loading failed for package âshinyâ
* removing â/usr/local/lib/R/site-library/shinyâ
* restoring previous â/usr/local/lib/R/site-library/shinyâ

The downloaded source packages are in
        â/tmp/RtmpUfc19u/downloaded_packagesâ
Warning message:
In install.packages("shiny", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package âshinyâ had non-zero exit status

我不知道为什么会这样，因为仅在启动R或什至在以sudo的身份启动R时，Shiny和Rcpp都可以完美安装和加载。

我的sessionInfo()输出是：

R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] shiny_0.12.1 Rcpp_0.11.6

loaded via a namespace (and not attached):
[1] R6_2.0.1        htmltools_0.2.6 digest_0.6.8    xtable_1.7-4
[5] httpuv_1.3.2    mime_0.3

在此先感谢您提供任何指示或帮助。

Answer 1

显然，这是图书馆/许可问题。 我仍然对R软件包管理以及所有可能的不同库位置（一定是在使用Rstudio服务器，闪亮的服务器和生物导体等时）以及何时不使用sudo安装软件包感到困惑。 对此的任何良好指导原则都可能避免了这个问题。

Rstudio的工作人员建议的代码（ sudo su -\\ -c "R -e \\"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\\"" su- sudo su -\\ -c "R -e \\"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\\"" ）让我思考：当我仅在终端中运行R或sudo R ， library(Rcpp)和library(shiny)工作，因此我只做了sudo su ，然后与install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/') 。 这表明显然对于根用户（su），未安装Rcpp软件包（！）。 手动安装软件包后，我也可以重新安装Shiny，我的Shiny应用程序又可以开始工作了。

我仍然担心的是， Rcpp程序包是如何从根R程序包中“消失”的。 我不记得自己删除它，并且如果有更新会导致它不愉快的行为。

两种方式：解决问题。 也许这个答案可以帮助其他有类似问题的人。