如何从rpy2访问复杂的R数据结构字段

Question

我正在使用r软件包生物导体limma edgeR进行rna-seq表达分析。 我有一个由featureCounts函数返回的DGElist。 如何使用rpy2在python中访问此DGElist的字段？

我做了A=r("X<-featureCounts(...)")但是当我做了A["X"]我看不到R中显示的字段。谢谢！

Answer 1

大多数生物导体对象都使用R的S4系统。

您可以依赖相关R软件包中定义的访问器功能，也可以直接访问插槽。

有关于带有Rpy2的S4的文档： http: //rpy2.readthedocs.org/en/version_2.7.x/generated_rst/s4class.html

否则，这里的特定问题是您要在R全局环境中定义X 您将需要查看rpy2的简介。