无法使用Bioconductor DNACopy软件包xxx（对于R版本3.2.1）

Question

我知道那里有一些类似的问题，尤其是这个问题： 我应该如何处理“软件包'xxx'不可用（对于R版本xyz）”警告？ 坦率地说，答案对我来说有点不知所措，因为我对R设置/安装等不太熟悉。我尝试了一些解决方案，但尚未使它起作用。

我想要做的是从此处安装一些生物导体软件包： https ://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation例如“ CNVPanelizer”，但出现以下错误消息：

> biocLite("CNVPanelizer")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.3), R version 3.2.1.
Installing package(s) 'CNVPanelizer'
Old packages: 'PSCBS', 'rgl'
Update all/some/none? [a/s/n]: #--- I tried 'a' and 'n', neither working
Warning message:
package ‘CNVPanelizer’ is not available (for R version 3.2.1) #--- this is the error message I got, as shown in my topic title

对于bioconductor / dnacopy网页中的所有软件包，我得到了相同的错误消息。

有人有简单的解决方案吗？ 逐步指导将不胜感激！

TIA

尝试在此处进行说明（以回答下面的评论），当系统询问“更新全部/部分/无？[a / s / n]：”时，我尝试了“ a”和“ n”两个选项。 都不行。

> library("CNVPanelizer")
Error in library("CNVPanelizer") :
there is no package called ‘CNVPanelizer’

如何安装旧版本的Bioconductor？ 同时，我将用Google进行搜索...谢谢。

更新：我尝试升级R，Bioconductor，biocinstaller。 此功能适用于此页面上列出的某些软件包： https ://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation，例如exomeCopy。 有些装有警告； 有些错误，例如CNVPanelizer。 一个常见的错误是

 Old packages: 'rgl'

在升级R / Bioconductor之前，我看到了这个“ rgl”。 有时我会看到消息说重新安装了“ rgl”和“ rgl”。 不知道这是'rgl'是什么东西……

Answer 1

您正在运行Bioconductor 3.1，但根据CNVPanelizer的登录页面 ，它是在Bioconductor 3.2中引入的。 因此，您应该升级：

library(BiocInstaller)
biocLite("BiocUpgrade")

然后，您应该能够安装CNVPanelizer：

biocLite("CNVPanelizer")

实际上，升级后，您应该通过不带参数的调用biocLite()来升级所有现有软件包。