Foreach循环仅作用于数组中第一个元素的一部分

Question

我在目录中有五个fasta文件，可以将它们成功地放入数组中。 当我尝试通过foreach循环连续打开所有文件，以对每个文件执行正则表达式时，似乎仅打开目录中的第一个文件进行处理。 此外，当我尝试在第一个文件中打印整个序列时（通过未显示的诊断打印语句），该序列的前半部分将被忽略。 仅打印序列的后半部分。 如果有人对如何克服这一问题有见识，我将不胜感激。 到目前为止，这是我的代码。

#!/usr/bin/perl
use warnings; 
use strict;
use diagnostics; 

my $dir = ("/Users/roblogan/Documents/FakeFastaFilesAgain");  
my @TrimmedSequences; 

my @ArrayofFiles = glob "$dir/*"; 

#print join("\n", @ArrayofFiles), "\n";      # this is a diagnostic test print statement

foreach my $file (@ArrayofFiles){ 
    open (my $sequence, '<', $file) or die $!; # open each file in the array
    while (my $line = <$sequence>) {  
        $line =~ s/\R//g;                          # get rid of new line breaks
        if ($line =~ m/(CTCCCA)[TAGC]+(TCAGGA)/) { # search file contents 
            push(@TrimmedSequences, $line);        # push the match into another array 
            close $file; 
        }
    }
}   

print join("\n", @TrimmedSequences), "\n"; 

Answer 1

删除close语句时，测试您的代码（或类似代码）可以正常工作。 一旦找到匹配项，使用关闭将中断循环。 每个文件仅保留一个结果。

另请注意，您根本不需要调用close。 当变量$ sequence失去作用域时，该文件将关闭。

chomp应该用来摆脱换行符

这是我的测试代码。 注意一些编辑。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $files = (".");

my @files = grep { $_ =~ /\.pl/} glob "$files/*"; #added to filter out the directies in test directory, can be ignored
my @lines;

#use for in perl not foreach
for my $file (@files){
  open my $fh, '<', $file or die $!;
  while(my $line = <$fh>){
    chomp($line); #Use chomp to remove newlines
    if($line =~ /use/){
      push @lines, $line; #no need to call close at all, the filehandle is closed when it loses scope
    }
  }
}

print join("\n", @lines) . "\n";

在测试目录中按预期执行操作，并从目录中的perl文件中打印所有use语句。

Answer 2

您正在错误的变量$file （文件名，字符串）而不是$sequence （文件的文件句柄）上调用close。

另外， close调用在错误的位置，您正在读取循环的中间关闭文件句柄。 如果您确实打算仅在每个文件中找到第一行，请关闭文件句柄并在while循环中中断（ last ）。 如果要在所有文件中找到所有匹配的行：

foreach my $file (@ArrayofFiles){ 
    open (my $sequence, '<', $file) or die $!;
    while (my $line = <$sequence>) {  
        $line =~ s/\R//g;
        if ($line =~ m/(CTCCCA)[TAGC]+(TCAGGA)/) {
            push(@TrimmedSequences, $line);
        }
    }
    close $sequence or die $!; 
}