Jupyter（IPython）笔记本numpy / pandas / matplotlib错误（FreeBSD）

Question

我正在尝试在家里设置Jupyter笔记本服务器。 我花了很长时间，但是我已经从FreeBSD端口成功构建并安装了Python 3.4和所有必需的软件包。 笔记本服务器正常运行，但每次尝试导入numpy时除外：

In[1]: import numpy

发生以下错误：

ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-5a0bd626bb1d> in <module>()
----> 1 import numpy

/usr/local/lib/python3.4/site-packages/numpy/__init__.py in <module>()
    178         return loader(*packages, **options)
    179 
--> 180     from . import add_newdocs
    181     __all__ = ['add_newdocs',
    182                'ModuleDeprecationWarning',

/usr/local/lib/python3.4/site-packages/numpy/add_newdocs.py in <module>()
     11 from __future__ import division, absolute_import, print_function
     12 
---> 13 from numpy.lib import add_newdoc
     14 
     15 ###############################################################################

/usr/local/lib/python3.4/site-packages/numpy/lib/__init__.py in <module>()
      6 from numpy.version import version as __version__
      7 
----> 8 from .type_check import *
      9 from .index_tricks import *
     10 from .function_base import *

/usr/local/lib/python3.4/site-packages/numpy/lib/type_check.py in <module>()
      9            'common_type']
     10 
---> 11 import numpy.core.numeric as _nx
     12 from numpy.core.numeric import asarray, asanyarray, array, isnan, \
     13                 obj2sctype, zeros

/usr/local/lib/python3.4/site-packages/numpy/core/__init__.py in <module>()
     12         os.environ[envkey] = '1'
     13         env_added.append(envkey)
---> 14 from . import multiarray
     15 for envkey in env_added:
     16     del os.environ[envkey]

ImportError: /lib/libgcc_s.so.1: version GCC_4.6.0 required by /usr/local/lib/gcc48/libgfortran.so.3 not found

导入熊猫和matplotlib的错误消息是不同的，但是我怀疑与numpy导入错误有关。

奇怪的是，所有3个软件包都可以在Python和IPython控制台中正常工作，完全没有问题！ 我用谷歌搜索并做了以下尝试：

    delete and reinstall numpy -> no change
    append numpy directory to sys.path -> no change
    install a lot of other external packages just to see if it's only related to numpy -> they are all working fine in both consoles and notebook, except scipy giving some error related to numpy

谢谢您的帮助！

Answer 1

我的gcc版本是4.2.1。 我已通过将LD_LBRARY_PATH设置为/ usr / local / lib / gcc48来解决此问题。 我的系统中已经安装了gcc48。 为了避免每次都设置路径，我在/.cshrc中添加了以下行：

setenv  LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib/gcc48

编辑：这是行不通的，因为您想通过添加到crontab自动启动笔记本服务器：

@reboot /usr/local/bin/jupyter-notebook

尝试导入numpy和取决于numpy的模块时，会出现相同的错误

我通过复制/ usr / local / bin / jupyter-notebook来解决此问题，并添加了以下几行：

    import sys
    import re
    ----------------- add these 2 lines below --------------
    import os
    os.environ['LD_LIBRARY_PATH'] = '/usr/local/lib/gcc48'
    ....

将新文件而不是jupyter-notebook添加到crontab中。

Answer 2

问题不在于您的python模块。 底部的错误消息显示ImportError: /lib/libgcc_s.so.1: version GCC_4.6.0 required by /usr/local/lib/gcc48/libgfortran.so.3 not found表明它是与Fortran库。 显然，它希望使用gcc 4.6或更高版本，并且显然您安装了较低版本。 我不熟悉Python库或您的设置，我想这可能是/usr/ports/devel/py-fortran 。 我建议您使用gcc -v检查您计算机上的gcc版本，并使用pkg info安装与fortran相关的任何端口，然后从那里获取它。