R - geeglm 错误：对比只能应用于具有 2 个或更多级别的因子

Question

我已将 GEE 应用于以下数据集（str 如下）。 一切都很好。

> str(cd4.5m2)
'data.frame':   1300 obs. of  7 variables:
 $ id       : Factor w/ 260 levels "1","5","29","32",..: 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
 $ Treatment: Factor w/ 4 levels "Alternating",..: 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 ...
 $ Age      : num  36.4 36.4 36.4 36.4 36.4 ...
 $ Gender   : Factor w/ 2 levels "Female","Male": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
 $ logcd4   : num  3.14 3.04 2.77 2.83 3.22 ...
 $ Week     : num  0 7.57 15.57 23.57 32.57 ...
 $ Time     : int  0 1 2 3 4 0 1 2 3 4 ...

然后我转换了结果变量，原因是我们想要监控随时间的变化。 所以转换后的数据的str如下图，和上一个几乎一模一样（除了一些名字的变化）。

> str(cd4.5m1)
'data.frame':   1300 obs. of  6 variables:
 $ id             : Factor w/ 260 levels "1","5","29","32",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ Treatment      : Factor w/ 4 levels "Alternating",..: 2 1 4 1 3 3 1 4 1 3 ...
 $ Age            : num  36.4 35.9 47.5 37.3 42.7 ...
 $ Gender         : Factor w/ 2 levels "Female","Male": 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 ...
 $ Week           : num  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ cd4.change.norm: num  0.572 0.572 0.572 0.572 0.572 ...

然后我再次运行 GEE，它给了我错误。

> gee1.default <- geeglm(cd4.change.norm ~ Treatment, data=cd4.5m1, id=id, family=gaussian, corstr="unstructured")
Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
  contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels

我还测试了数据中的所有变量，它们都包含多个值。 所以我在这里完全迷失了。 我也看到了很多关于这个错误的帖子，但似乎没有一个能够在这里解决我的问题。 帮助表示赞赏！

Answer 1

我将相关结构更改为 AR1，它起作用了。 我确实测试了相关性（随着时间的推移而减少），并且 AR1 是使用的正确结构。

但通常非结构化应该是保存选项？

Answer 2

我刚刚重新排序了我的数据并且它有效。 我建议您尝试重新排序您的数据，例如cd4.5m1<-cd4.5m1[order(cd4.5m1$id),] 。 学分：KDG