使用R中的循环绘制子集的子集

Question

我有一个看起来像这样的数据框。

head(growthMelt)
        Date  Strain Replicate Fluor
1 2016-08-24    42-2   Fluor.I 14.01
2 2016-08-24    42-4   Fluor.I  9.60
3 2016-08-24    42-6   Fluor.I 47.66
4 2016-08-24    42-8   Fluor.I 28.47
5 2016-08-24 Control   Fluor.I 51.61
6 2016-08-26    42-2   Fluor.I 75.78

我有5个菌株，每个菌株每个日期有3个荧光测量值。 我需要绘制每个菌株相对于日期的每个荧光测量图。 所以，最终我需要得到诸如plot(Fluor~Date) 。 我需要五个图，每个应变图一个，在每个图上都有Fluor.I, Fluor.II, Fluor.III测量三个荧光（ Fluor.I, Fluor.II, Fluor.III ）的线。

有很多数据，所以我选择使用for子集和绘图循环。 到目前为止，我已经尝试过：

strains<-unique(growthMelt$Strain)

 fluors<-unique(growthMelt$Replicate)

for(i in strains){
  sub.strain<-subset(growthMelt, Strain==i)
  for (i in fluors){
    sub.flours<-subset(sub.strain, Replicate==i)
    plot(Fluor~Date, sub.flours)
  }
}

所得图仅显示一个菌株的一个Fluor重复。 任何建议将不胜感激。

另外，这是我对Stack Overflow的第一个问题，请保持谨慎。 :)

Answer 1

您只会看到最后一个图，因为它每次都会覆盖最后一个图。 因此，您可以尝试制作矩阵的mfrow。

par(mfrow=c(5,3))

strains<-unique(growthMelt$Strain)

 fluors<-unique(growthMelt$Replicate)

for(i in strains){
  sub.strain<-subset(growthMelt, Strain==i)
  for (j in fluors){
    sub.flours<-subset(sub.strain, Replicate==j)
    plot(Fluor~Date, sub.flours)
  }
}

或者，您可以将每个图保存到新文档（例如pdf）中：

for(i in strains){
  sub.strain<-subset(growthMelt, Strain==i)
  for (j in fluors){
    sub.flours<-subset(sub.strain, Replicate==j)
    pdf(paste("Plot_",i,"x",j,".pdf",sep=""))
    plot(Fluor~Date, sub.flours)
    dev.off()
  }
}

或只是一个大pdf

pdf("Plot.pdf")
for(i in strains){
  sub.strain<-subset(growthMelt, Strain==i)
  for (j in fluors){
    sub.flours<-subset(sub.strain, Replicate==j)
    plot(Fluor~Date, sub.flours)
  }
}
dev.off()

或ggplot选项：

library(ggplot2)
p1 <- ggplot(growthMelt, aes(x=Date, y = Fluor)) + 
  geom_point() + 
  geom_smooth(method = "lm", se = FALSE) + 
  facet_grid(Strain ~ Replicate)

p1