在bash脚本中嵌入python

Question

我是python的新手，正试图将其嵌入bash脚本中。 我有以下bash shell脚本：

#!/bin/bash

while read line
do
    ORD=`echo $line | cut -c 1-7`
    if [[ -r ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa ]]
    then
        touch ../Results/Log_Files/Log_${ORD}.txt
        for (( win = 2; win < 20; win += 2 )); do
            printf 'The value of win is %d, now entereing inner loop\n' "$win"
            for (( per = 50; per < 100; per += 2 )); do
                printf 'Value of per is %d\n' "$per"
                WCNO=`grep -o "n\|N" ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa | wc -l`
                WCNF=`grep -o "n\|N" ../Results/COMBI/${ORD}_COMBI/${ORD}_w${win}_p${per}_COMBI.fa | wc -l`
                WCAO=`grep -o "a\|A\|g\|G\|t\|T\|c\|C" ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa | wc -l`
                WCAF=`grep -o "a\|A\|g\|G\|t\|T\|c\|C" ../Results/COMBI/${ORD}_COMBI/${ORD}_w${win}_p${per}_COMBI.fa | wc -l`
                PERN=`echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python`
                echo $ORD $PERN
            done
        done
    else
        echo ${ORD}"_COMBI_RAW.fa does not exist"
    fi
done < ./Data_ORD.txt

我想执行此百分比存储在调用python的变量中的计算

PERN=`echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python` 

括号给您带来麻烦，因此当我运行bash脚本时，我得到以下输出：

command substitution: line 17: syntax error near unexpected token `('
command substitution: line 17: `echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python'

bash出问题了吗？ 据我所知，操作顺序在python中用括号定义。

谢谢，

Answer 1

bash会解释(当您不希望它时。您需要将要发送给python的表达式括在引号中。

PERN=`echo "print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO." | python`

如果您好奇bash 认为您在做什么...

构造(...)表示要在子Shell中运行的内容。 首先，bash将对变量$WCNO和$WCNF 。 然后，它将尝试在子外壳中作为命令在Paren中运行事物。 除非该字符串作为命令同时存在，否则bash会抱怨，因为它试图查找的命令不存在。

另请参见Unix.SE上的此答案 。