仅将代码应用于大文件夹中的图像

Question

我有许多循环组成的长代码。 起点是上传的图像，并且代码通过多个步骤分析该图像。

我有100张由Ai，Bi和Ci等元素组成的图像，并制作了诸如“ Ai Bj Ck.tif”之类的标题。 我定义了i = 1：10，j = 1:10和k = 1:10，但并非所有选项都存在。 例如，图像“ A5 B2 C9.tif”不存在。

我想将代码实现为一个循环，该循环创建所有可能的图像标题，然后使用if（file.exists（...））{code}选择实际存在的图像，然后在第一个图像上运行整个代码，然后是下一个，依此类推...

为简化起见，让代码只是图像上传和尺寸计算：

Image_name = list()
for(i in 1:10){
    for(j in 1:10){
        for(k in 1:10)){
Image_name[i, j, k] = paste("A", i, "B", j, "C", k, ".tif", sep= ""))
}}}

if(file.exists(Image_name)){
f = readImage(Image_name)
dim(f)
}

这是行不通的。 它不会创建正确的图像列表，也不会一次上传一张图像来计算其尺寸。 怎么了？ 提前致谢！

Answer 1

您的数据结构错误。 ...[i, j, k]用于索引3维数组。 您没有这样的数组！ 第二句话： file.exists(...)以字符向量作为参数-不是数组，也不是列表。
您想要类似的东西：

i <- j <- k <- 1:10
ijk <- expand.grid(i,j,k)
names(ijk) <- c("i", "j", "k")
Image_names <- with(ijk, paste0("A", i, "B", j, "C", k, ".tif"))
ind <- file.exists(Image_names)
I_files <- Image_names[ind] # existing file names as character vector

现在，您可以使用以下命令遍历现有文件名

lapply(I_files, ...)

Answer 2

您可以使用list.files()列出文件夹中的文件。 在函数内部添加路径将告诉R搜索该位置上的所有文件。 该功能还允许您输入模式，例如所有tif文件：

I_files = list.files("your_path", pattern = "*.tif", full.names = T) 
# This will give you a character vector with the document names like 
# "your_path/A1B1C1.tif", "your_path/A2B1C1.tif", ... . 

library(EBImage)
your_images = sapply(I_files, readImage)