如何计算R中的加权和？

Question

我有以下data.frame：

A1  A2  EFF       FRQ      G1  G2
A   G   0.0125    0.4578   A   G
T   C   0.0143    0.1293   C   C
T   C   -0.017    0.8984   T   T
A   G   -0.018    0.8945   A   G
A   G   -0.009    0.8652   A   A
A   G   0.0001    0.3931   G   G

效果（EFF）和频率（FRQ）与A1有关。 我想计算我的G1和G2的总和。 例如，在第一行中，如果G1 = A1，则其效果为0.0125。 但是，如果G1 = A2，那么我想翻转效果的符号并将其设为-0.125。 如果G2 = A1，我希望G2的效果为0.0125。 如果G2 = A2，那么我希望G2的效果为-0.125。 我想创建一列“ G1 + G2效果”。

在第一行中，由于G1 = A2，所以G1的效果为0.0125。 由于G2 = A2，因此G2的效果为-0.0125。 因此，在新列“ G1 + G2效果”中，总和为0。在第二行中，G1 = A2，因此G1的效果为-0.0143，并且G2 = A2也是，因此G2的效果也为-0.0143。 因此，“ G1 + G2效果”列将显示为：-0.0286。

这是我希望我的输出看起来像的样子：

    A1  A2  EFF       FRQ      G1  G2  G1+G2_Effects
    A   G   0.0125    0.4578   A   G   0
    T   C   0.0143    0.1293   C   C   -0.0286
    T   C   -0.017    0.8984   T   T   -0.034
    A   G   -0.018    0.8945   A   G   0
    A   G   -0.009    0.8652   A   A   -0.018
    A   G   0.0001    0.3931   G   G   -0.0002

Answer 1

基本上，您只是在计算G1或G2与A1匹配的次数减去G1或G2与A2匹配的次数，然后将该数字乘以EFF。 您可以使用R中的算术运算符执行此操作：

dat$G1G2Effect <- with(dat, ((G1==A1) + (G2==A1) - (G1==A2) - (G2==A2))*EFF)
dat
#   A1 A2     EFF    FRQ G1 G2 G1G2Effect
# 1  A  G  0.0125 0.4578  A  G     0.0000
# 2  T  C  0.0143 0.1293  C  C    -0.0286
# 3  T  C -0.0170 0.8984  T  T    -0.0340
# 4  A  G -0.0180 0.8945  A  G     0.0000
# 5  A  G -0.0090 0.8652  A  A    -0.0180
# 6  A  G  0.0001 0.3931  G  G    -0.0002

数据：

dat <- read.table(text="A1  A2  EFF       FRQ      G1  G2
A   G   0.0125    0.4578   A   G
T   C   0.0143    0.1293   C   C
T   C   -0.017    0.8984   T   T
A   G   -0.018    0.8945   A   G
A   G   -0.009    0.8652   A   A
A   G   0.0001    0.3931   G   G", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)

Answer 2

另一种方法：

  zz = '
    A1  A2  EFF       FRQ      G1  G2
    A   G   0.0125    0.4578   A   G
    T   C   0.0143    0.1293   C   C
    T   C   -0.017    0.8984   T   T
    A   G   -0.018    0.8945   A   G
    A   G   -0.009    0.8652   A   A
    A   G   0.0001    0.3931   G   G
    '


df$cEFF = NA
df$cEFF = ifelse(as.character(df$G1) == as.character(df$A1), df$EFF, -df$EFF) +
          ifelse(as.character(df$G2) == as.character(df$A2), -df$EFF, df$EFF)

df

  A1 A2     EFF    FRQ G1 G2    cEFF
1  A  G  0.0125 0.4578  A  G  0.0000
2  T  C  0.0143 0.1293  C  C -0.0286
3  T  C -0.0170 0.8984  T  T -0.0340
4  A  G -0.0180 0.8945  A  G  0.0000
5  A  G -0.0090 0.8652  A  A -0.0180
6  A  G  0.0001 0.3931  G  G -0.0002

Answer 3

一个简单的ifelse条件

> so$t1=ifelse(so$G1==so$A1,so$EFF,-so$EFF)+ifelse(so$G2==so$A1,so$EFF,-so$EFF)
> so
  A1 A2     EFF    FRQ G1 G2      t1
1  A  G  0.0125 0.4578  A  G  0.0000
2  T  C  0.0143 0.1293  C  C -0.0286
3  T  C -0.0170 0.8984  T  T -0.0340
4  A  G -0.0180 0.8945  A  G  0.0000
5  A  G -0.0090 0.8652  A  A -0.0180
6  A  G  0.0001 0.3931  G  G -0.0002