流水线切割排序uniq

Question

尝试从sam文件中获取某个字段，对其进行排序，然后在文件中找到唯一编号的数量。 我已经试了：

cut -f 2 practice.sam > field2.txt | sort -o field2.txt sortedfield2.txt |  
uniq -c sortedfield2.txt

削减工作的目的是从第二个字段中提取数字，但是当尝试将数字排序到一个新文件或同一文件中时，我只是一片空白。 我尝试将管道分成几部分，但仍然遇到相同的错误。 我打算使用这三个功能来实现输出计数。

Answer 1

采用

cut -f 2 practice.sam | sort -o | uniq -c

在原始代码中，您将cut的输出重定向到field2.txt ，同时尝试将输出通过管道传递到sort 。 那是行不通的（除非您使用tee ）。 可以将命令分开作为单独的命令（例如，使用; ），也可以不要将输出重定向到文件。

同上，在第二部分中，您将输出写入sortedfield2.txt ，因此最终没有stdout到stdout ，也没有stdout到uniq 。

因此，替代方法可能是：

cut -f 2 practice.sam > field2.txt ; sort -o field2.txt sortedfield2.txt ; uniq -c sortedfield2.txt

这与

cut -f 2 practice.sam > field2.txt 
sort -o field2.txt sortedfield2.txt 
uniq -c sortedfield2.txt

Answer 2

您可以使用以下命令：

cut -f 2 practise.sam | uniq | sort > sorted.txt

在您的代码中是错误的。 错误是“没有这样的文件或目录”。 因为管子。 您可以在此链接上了解其用法