在 Shiny 中下载 PDF 报告

Question

我正在制作一个闪亮的应用程序，它将创建 2 个图和一个表。

选择输入部分有很多选项。

选择后，它将对 data.frame 进行子集化并返回另一个要分析的 data.frame。

它将相应地进行绘图，我希望它以 pdf（或 html）格式生成包含输入详细信息的报告。

就像“生成报告”按钮一样，并为我提供该特定输入的绘图以及 input$company.pdf（或 html）名称。

我到处搜索，但我无法找到如何做到这一点。

我还想将 .Rmd 编​​辑为更好的格式。 只有一些短语作为介绍等等。

这是我的详细信息。

所有代码

library(ggplot2)
library(prophet)
library(markdown)
library(knitr)
order <- read.csv("order.csv" , header = T, sep = ",", stringsAsFactors = F)

order$Date <- strftime(order$Date.added, format = "%Y-%m-%d")
order$Date <- as.Date(order$Date)
order$Payment.company <- as.character(order$Payment.company)

choices <- sort(unique(as.character(order$Payment.company)))





ui <- shinyUI(fluidPage(

        headerPanel("Company Order Analytics"),

        sidebarPanel(position = "left",
                     selectInput("company", "Select Company:", 
                                 choices = choices, selected = "A&E Scientific sprl", multiple = FALSE),
                     submitButton("Run"),

                     downloadButton("report", "Generate report"),


                     mainPanel(position="right",
                               tabsetPanel(
                                       tabPanel("Plot",  plotOutput("plot")),
                                       tabPanel("Table", tableOutput("table")),
                                       tabPanel("Graphic",  plotOutput("plot1"))
                               )))))

server <- shinyServer(function(input, output, session) {

        plot1 <- reactive({

                a <- subset(order, order$Payment.company == input$company)
                a$l <- log10(a$Total)
                m <- subset(a, select=c("Total", "Date"))
                colnames(m) <- c("y", "ds")
                z <- prophet(m)
                future <- make_future_dataframe(z, periods = 365)
                forecast <- predict(z, future)
                plot(z, forecast, xlab = "Date", ylab = "Value Order GBP")



        })
        plot2 <- reactive({
                a <- subset(order, order$Payment.company == input$company)
                a$l <- log10(a$Total)
                m <- subset(a, select=c("Total", "Date"))
                colnames(m) <- c("y", "ds")
                z <- prophet(m, yearly.seasonality = TRUE)
                future <- make_future_dataframe(z, periods = 365)
                forecast <- predict(z, future)
                prophet_plot_components(z, forecast)


        })

        table1 <- reactive({

                a <- subset(order, order$Payment.company == input$company)
                n <- nrow(a)
                ma <- max(a$Total)
                x  <- median(a$Total)
                t <- sum(a$Total)

                tbl1 <- data.frame("Orders"= n, "Max"=ma, "Median"=x, "Total"=t)
                return(tbl1)

        }
        )

        output$plot <- renderPlot(plot1(),width = 850, height = 425)
        output$plot1 <- renderPlot(plot2(),width = 850, height = 425)
        output$table <- renderTable(table1())

        output$report <- downloadHandler(
                # For PDF output, change this to "report.pdf"
                filename = "report.html",
                content = function(file) {
                        before processing it, in
                        .
                        tempReport <- file.path(tempdir(), "report.Rmd")
                        file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)




                        rmarkdown::render(tempReport, output_file = file,
                                          params = params,
                                          envir = new.env(parent = globalenv())
                        )
                }
        )


                })

R markdown 命名为 report_file.Rmd

---
title: "Parameterized Report for Shiny"
output: pdf_document
params:
  table: 'NULL'
  plot: 'NULL'
---

```{r}
params[["plot"]]
```

```{r}
params[["plot1"]]
```

```{r}
params[["table"]]
```

UI 和服务器都在一个 .R 文档中，.Rmd 在不同的文档中。

我已经拆分了 UI 和服务器并发布了，但仍然出错。

我在 R 中非常绿色并且闪亮，但我尝试通过反复试验来学习。 但在这里我完全卡住了。

我只希望它返回一个布局良好的文档

这是我的会话：

sessionInfo()
R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] bindrcpp_0.2  knitr_1.17    markdown_0.8  prophet_0.2   Rcpp_0.12.12  ggplot2_2.2.1
[7] shiny_1.0.5  

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.4.0       plyr_1.8.4           bindr_0.1            bitops_1.0-6        
 [5] tools_3.4.0          digest_0.6.12        evaluate_0.10.1      jsonlite_1.5        
 [9] tibble_1.3.4         gtable_0.2.0         pkgconfig_2.0.1      rlang_0.1.2         
[13] yaml_2.1.14          gridExtra_2.2.1      extraDistr_1.8.7     stringr_1.2.0       
[17] dplyr_0.7.3          tidyselect_0.2.0     stats4_3.4.0         rprojroot_1.2       
[21] grid_3.4.0           glue_1.1.1           inline_0.3.14        R6_2.2.2            
[25] rmarkdown_1.6        rstan_2.16.2         RJSONIO_1.3-0        purrr_0.2.3         
[29] tidyr_0.7.1          magrittr_1.5         backports_1.1.0      scales_0.5.0        
[33] codetools_0.2-15     htmltools_0.3.6      StanHeaders_2.16.0-1 rsconnect_0.8.5     
[37] assertthat_0.2.0     mime_0.5             xtable_1.8-2         colorspace_1.3-2    
[41] httpuv_1.3.5         labeling_0.3         stringi_1.1.5        RCurl_1.95-4.8      
[45] lazyeval_0.2.0       munsell_0.4.3   

在此先感谢所有提供帮助的人。 有些英雄不穿斗篷。

最好的

Answer 1

为什么将图作为参数传递可能会失败

对于 ggplots 和其他特殊绘图类型，可以将绘图保存为变量，但对于通常使用plot()函数生成的更一般的“基本绘图”则不然。 换句话说， plot()的返回值没有意义，因为绘制绘图是函数的副作用。

x <- plot(1:10)
x
#> NULL

因此有必要将这些副作用“传递”给 rmarkdown 报告而不是返回值。

解决方法：函数

传递副作用的一种方法是函数。 为此，您首先定义一个绘制绘图的函数。 然后将新定义的函数作为参数传递给Rmd-document

draw_plot <- function() {
  plot(1:10)
}
rmarkdown::render(
  "template.Rmd",
  params = list(draw_plot = draw_plot)
)

现在可以在 Rmd 文档中调用该函数，并且将在那里（重新）绘制该图。 一般来说，可以在参数化报告中将任何 R 对象作为参数传递，而函数（闭包）对于此类用例来说是一种非常灵活的对象类型。

如果可能，传递对象

但是请注意，某些绘图库确实允许将绘图存储在变量中。 在这些情况下，函数不是必需的。 您只需要传递生成绘图的函数的返回对象。

library(ggplot2)

gg <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point()
class(gg)
#> [1] "gg"     "ggplot"

rmarkdown::render(
  "template.Rmd",
  params = list(plot_object = gg)
)

可重现的例子

这是一个完整的应用程序来演示此设置。 确保应用程序可以“找到”报告

• 把app和Rmd文档放到同一个文件夹
• 使用runApp("path/to/app.R")调用应用程序或使用 RStudio 中的“运行应用程序”按钮。

应用程序

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  textInput("main", "main", "main"),
  plotOutput("plot"),
  downloadButton("download_button")
)

server <- function(input, output, session) {
  draw_plot <- function() {
    plot(1:10, main = input$main)
  }
  output$plot <- renderPlot({
    draw_plot()
  })
  output$download_button <- downloadHandler(
    filename = "rendered_report.pdf",
    content = function(file) {
      res <- rmarkdown::render(
        "template.Rmd",
        params = list(
          draw_plot = draw_plot
        )
      )
      file.rename(res, file)
    }
  )
}

shinyApp(ui, server)

模板.Rmd

---
output: pdf_document
params:
  draw_plot: NULL
---

```{r}
if (!is.null(params$draw_plot))
  params$draw_plot()
```