基于数据帧中另一个字符向量的向量中的条件替换

Question

我有一个称为“突变”的数据框。 它们可以是SNP（如“ C> A”），插入（如“ + TTTAAG”）或删除（如“ -CTTGA”）。 例如：

**position** **mutation**
1234           C > A
1452           +TTTAAG
2734           -CTTGA

我想让R在突变列（“>，” +“或”-“）中搜索特定字符，并将” SNP“，”插入“或”删除“分别写入数据帧的新列中，所以我期望结果：

**position** **mutation**  **mutation_type**
1234           C > A             SNP
1452           +TTTAAG         insertion
2734           -CTTGA           deletion

我试图做以下事情：

mutation_type <- rep(NA, length(df$position)))
df$mutation_type <- mutation_type #creating a new column with NAs

试：

while(grep(pattern = "-", df$mutation)){
  df$mutation_type <- "deletion"
}

只需覆盖mutation_type列中的每个单元格即可。 请给我一个建议，如何解决这个问题？

Answer 1

使用grep和ifelse解决方案：

genotype <- data.frame(position = 1:3,
                       mutation = c("C > A", "+TGCA", "-ACGT"))
genotype$mutation_type <- 
    ifelse(grepl("\\+", genotype$mutation), "Insertion", 
           ifelse(grepl("\\-", genotype$mutation), "Deletion", "SNP"))

  position mutation mutation_type
1        1    C > A           SNP
2        2    +TGCA     Insertion
3        3    -ACGT      Deletion