这两个循环如何在Python中向量化？

Question

我在检索近40万个值values ，它是由本身相当缓慢的（未显示的代码），然后我试图通过一个Kalmann过滤器做这些值的预测，第一循环正在一点点过一分钟的时间，第二分钟的两分半钟，我认为第一分钟可以向量化，但是我不确定如何，尤其是window_sma 。 第二个循环我不确定如何处理增加x数组的问题（ x = np.append(x, new_x_col, axis=1) ）。

这是第一个尝试使用polyfit和polyval根据SMA的值进行预测的方法：

window_sma = 200
sma_index = 500
offset = 50
SMA = talib.SMA(values, timeperiod = window_sma)
vector_X = [1, 2, 3, 15]
sma_predicted = []

start_time = time.time()
for i in range (sma_index, len(SMA)):
    j = int(i - offset)
    k = int(i - offset / 2)
    window_sma = [SMA[j], SMA[k], SMA[i]]
    polyfit = np.polyfit([1, 2, 3], window_sma, 2)
    y_hat = np.polyval(polyfit, vector_X)
    sma_predicted.append(y_hat[-1])

第二个尝试过滤第一个for循环的输出，以更好地预测我从SMA获得的值：

# Kalman Filter
km = KalmanFilter(dim_x = 2, dim_z = 1)

# state transition matrix
km.F = np.array([[1.,1.],
                [0.,1.]])
# Measurement function
km.H = np.array([[1.,0.]])

# Change in time
dt = 0.0001
a = 1.5

# Covariance Matrix
km.Q = np.power(a, 2) * \
       np.array([[np.power(dt,4)/4, np.power(dt,3)/2],
                 [np.power(dt,3)/2, np.power(dt,2)]])

# Variance
km.R = 1000

# Identity Matrix
I = np.array([[1, 0], [0, 1]])

# Measurement Matrix
km.Z = np.array(sma_predicted)

# Initial state
x = np.zeros((2,1))
x = np.array([[sma_predicted[0]], [0]])

# Initial distribution state's covariance matrix
km.P = np.array([[1000, 0], [0, 1000]])

for i in range (0, len(sma_predicted) - 1):
    # Prediction
    new_x_col = np.dot(km.F, x[:, i]).reshape(2, 1)
    x = np.append(x, new_x_col, axis=1)
    km.P = km.F * km.P * km.F.T + km.Q

    # Correction
    K = np.dot(km.P, km.H.T) / (np.dot(np.dot(km.H, km.P), km.H.T) + km.R)
    x[:, -1] = x[:, -1] + np.dot(K, (km.Z[i + 1] - np.dot(km.H, x[:, -1])))
    #x[:, -1] = (x[:, -1] + K * (km.Z[i + 1] - km.H * x[:, -1])).reshape(2, i + 2)
    km.P = (I - K * km.H) * km.P

谢谢！

Answer 1

第二个值得首先进攻，所以我就这样做。

你有这个：

x = np.array([[sma_predicted[0]], [0]])
for i in range (0, len(sma_predicted) - 1):
    new_x_col = np.dot(km.F, x[:, i]).reshape(2, 1)
    x = np.append(x, new_x_col, axis=1)
    # ...

重复附加到同一数组在NumPy中始终是不好的做法，因此请从以下内容开始：

x = np.zeros((2, len(sma_predicted)))
x[0, 0] = sma_predicted[0]
for i in range(len(sma_predicted) - 1):
    x[:, i+1] = np.dot(km.F, x[:, i])
    # ...

注意，由于NumPy广播，不需要reshape(2, 1) 。

我意识到这并不能回答您所有的隐性问题，但是也许它可以帮助您入门。

这将是很好，如果dot是一个ufunc ，所以我们可以这样做np.dot.outer(km.F, xT)但它不是（见这个从2009年 ），所以我们不能。 您可以使用Numba来实现更多的加速（如我所展示的，删除了append() ，您的代码是Numba的不错的选择）。