如何使用 samtools C API 构建一个简单的 main.cpp 文件

Question

我正在尝试使用 samtools C API ( https://github.com/samtools/samtools ) 编译（在 Linux 上，使用 G++）一个简单的 main.cpp 程序，该程序已下载到我的 main.cpp 文件的文件夹中。 我想要一个非常简单的 makefile 来编译 main.cpp（并最终编译 samtools 代码）。 但是，由于我对 makefile 知之甚少，所以我可能做错了什么。

这是我的生成文件：

SAMTOOLS=./samtools/
HTSLIB=${SAMTOOLS}htslib-1.9/

all: samtools htslib BAMCoverage

samtools: 
    ${MAKE} -C ${SAMTOOLS}

htslib: 
    ${MAKE} -C ${HTSLIB}

BAMCoverage: main.cpp
    g++ -I./ -I${SAMTOOLS} -I${HTSLIB} -g -O2 -Wall ./main.cpp -o ./BAMCoverage -lz -L${SAMTOOLS} -L${HTSLIB} -lbam  -lhts

这是我的 cpp 主要内容：

#include "samtools/sam.h"

#include <string>
#include <iostream>

using namespace std;

int main (int argc, char *argv[]) { 
    string bam_file_path ("myfile.bam");
    bamFile bam_file = bam_open (bam_file_path.c_str (), "rb");
    if (bam_file == 0) {
        cerr << "Failed to open BAM file " << bam_file_path << endl;
        return 1;
    }
    bam_close (bam_file);

    return 0;
}

当我运行“make”时，它编译时没有警告，但在运行时，它告诉我：“加载共享库时出错：libhts.so.2 无法打开共享对象文件”

任何帮助都非常受欢迎！ 提前致谢。

Answer 1

这不是你的 makefile 本身的问题； 您的 makefile 有一些问题，但您遇到的问题是了解如何正确链接共享库。 换句话说，如果您从 shell 命令行运行相同的一组命令，而不是使用 makefile，则会遇到同样的问题。

您应该查找有关链接命令行选项-L文档，并阅读链接时库位置和运行时库位置之间的区别。

-lfoo选项将告诉链接器在名为foo的库中进行链接。 -Lsome/dir选项将告诉链接器在目录some_dir找到该库foo 。

如果链接器找到一个静态库libfoo.a那么链接程序所需的该库的任何部分都将直接包含在您的程序中。 这会使您的程序更大，但这意味着在运行时，除了您的程序之外，什么都不需要找到。

如果链接器找到共享库（也称为动态库） libfoo.so则链接器只是将库名libfoo.so的引用放入您的程序中（当然细节比这更复杂，但这是大体思路） . 这使您的程序更小，但这意味着在运行时不仅需要您的程序，还需要共享库，否则您的程序将无法运行。

这称为运行时链接，用于在您启动程序时解析所有这些共享引用的程序称为运行时链接器。 出于很好的理由，编译时链接器在您的程序中放入的引用只列出了库的名称，而不是库的完整路径。 这意味着运行时链接器需要知道去哪里寻找共享库。

运行时链接器在各个地方查找，可以通过阅读其文档了解； 例如，在 GNU/Linux 上，运行时链接器称为ld.so因此您可以使用man ld.so阅读文档。

这是一个复杂的主题，最好的方法在很大程度上取决于您的需求和要求。

如果您只想硬编码路径以在编译/链接时查看，您可以在链接行中添加一个-Rsome/dir选项，每个-L选项一个，如下所示：

BAMCoverage: main.cpp
        g++ -I./ -I${SAMTOOLS} -I${HTSLIB} -g -O2 -Wall ./main.cpp -o ./BAMCoverage -lz -L${SAMTOOLS} -L${HTSLIB} -R${SAMTOOLS} -R${HTSLIB} -lbam  -lhts

只要SAMTOOLS和HTSLIB目录存在并且其中仍然包含正确的共享库，这将正常工作。 显然这是一个很大的限制，但我们无法猜测您的最终要求是什么。