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使用MPI_Allgather收集不同大小的数组

Gather arrays of different sizes using MPI_Allgather

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MPI_Allgather似乎假设要从不同进程中收集的所有数组的大小相同。 但是,就我而言,要收集的数组在不同的过程中具有不同的大小。 对于这种情况,应该使用什么合适的子例程? MPI_Allgatherv吗?

1 个回复

是的,正确的函数是MPI_Allgatherv

1 具有2D数组的MPI_Allgather

我正在尝试计算基于其先前位置的某些物体的位置。 因此,在每个k循环中,我需要使用计算并存储在Cw数组中的物体的新坐标(x,y,z)更新每个C数组。 我尝试了MPI_Allgather,但找不到正确的语法来实现它。 我检查了问题的串行版本的输出,其中k = 1,F,V和Cw数组的值正确, ...

2 MPI_Allgather 到相同的数组但在不同的索引

考虑我有以下进程,它们拥有自己的某个大小数组的副本(让长度为 4),并且每个进程都计算了一些值并根据压缩的行/列存储格式将其存储在数组中。 A = [ 。 . . .] P0: A[ 1 . 3 .] P1:A[。 2 . 4] P1 发送 A 到 P0 P0 ...

2021-05-16 16:24:51 1 35   c/ mpi
3 使用MPI_Allgather分发结构

我必须使用MPI_Allgather()将结构发送到所有进程。 我似乎没有任何明显的错误,但代码不起作用。 当我检查我是否在recv[]收到任何值时,它都没有显示。 如果我只使用类似的代码发送单个变量而不是结构,那么这是有效的,所以我不确定发生了什么。 该结构具有静态数组,因此内存应该是 ...

2011-07-06 22:20:05 1 3056   c/ mpi
4 MPI_Allgather沟通复杂性

我需要从数组大小(n)和处理器数量(p)方面了解MPI_Allgather的通信复杂性。 我在一个演示文稿中发现,复杂度为$ O(\\ log p + n)$,但找不到任何引用。 您能给我一些我可以在网站上发表的文章,以包括沟通的复杂性。 谢谢。 ...

5 MPI_Allgather中的奇怪死锁

经过大量的谷歌搜索,我不知道是什么导致了这个问题。 这里是: 我在我的代码中有一个简单的MPI_Allgather调用,我有双重,三重和四重检查是正确的(发送/接收缓冲区大小合适;调用中的发送/接收大小是正确的),但对于“大”进程数我得到死锁或MPI_ERR_TRUNCATE。 使用M ...

6 MPI_Allgather的负缩放

我在用C编写并行分子动力学算法时遇到一个问题,该算法中所有核都计算出最小的碰撞时间,然后通过MPI_Allgather与所有其他核通信碰撞伙伴,以查看最早发生的碰撞。 我内置了一个时间测量功能,以查看程序的不同部分如何缩放。 这表明,对于8个节点(192个内核),Allgather耗时200 ...

7 MPI_Allgather和动态结构

我想使用MPI_Allgather()发送结构数组,但是我的结构具有动态数组: 我的结构通过以下方式初始化: 但是,如何使用MPI_Allgather发送结构? 如何创建两个(发送和接收)数组? ...

8 并行化MPI_Allgather中的错误

根据评论编辑 我正在学习MPI,并且正在做一些练习以了解它的某些方面。 我写了一个代码,应该执行一个简单的蒙特卡洛。 其中有两个主要循环必须完成:一个在时间步长T ,另一个在其中一个较小的一个在分子数N 。 因此,在我尝试移动每个分子之后,程序将转到下一个步骤。 我试图通过 ...

9 MPI_Allgather 接收垃圾

我有以下代码: 这将生成以下输出: kr 正在正确收集,但是 s_r 和 d_r 似乎正在接收垃圾。 这可能是因为 MPI 数据类型吗? 我尝试过MPI_REAL MPI_REAL8和MPI_DOUBLE但这没有用。 此外, mpi_err = MPI_SUCCESS 我能做些什么来解决 ...

10 MPI_Allgather生成Sigbus

我是fortran和MPI的新手,目前正在不同的处理器上逐行处理非常大的矩阵。 我会根据需要在所有处理器上收集所有结果。 以下是示例代码,其结构与我的真实代码相同。 我一直在有界函数iter的mod_test.f的MPI_Allgather,第49行中遇到SIGBUS问题。 我该如何 ...

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