使用.Call将值从C返回到R时出现段错误（返回不兼容的指针类型）

Question

我正在学习使用C编程语言，并且可能遇到不兼容的指针类型返回的问题。

我有一个带有两列的文本文件，R将其读取为data.frame。 读取此内容后，我想在C中执行一个函数，该函数将读取date.frame并返回R中变量的值，但是在尝试返回该值时会出现段错误。 我找不到解决此问题的方法，有人可以帮助我吗？

文本文件分为两列，如下例所示。

Q0045   YJL166W
Q0045   YDL085W
Q0045   YDR119W-A

这是用于读取data.frame的C代码。

#include <Rinternals.h>
#include <Rdefines.h>
#include <R.h>
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>

char **test(SEXP lst){
  int i,elLength;
  int len = length(lst);
  SEXP col1, col2;
  char ***target = malloc(sizeof(char **) *len);
  col1 = VECTOR_ELT(lst, 0);
  col2 = VECTOR_ELT(lst, 1);
  elLength = length(col1);
  target[0] = malloc(sizeof(char *) * elLength);
  target[1] = malloc(sizeof(char *) * elLength);
  for (i=0; i<elLength; i++) {
    target[0][i] = CHAR(STRING_ELT(col1, i));
    target[1][i] = CHAR(STRING_ELT(col2, i));

  }

  return target;
} 

之后，我在终端中使用命令行创建.so文件：

R CMD SHLIB test.c

最后是R中的代码，该文件读取文件并执行.Call。

dyn.load("/home/lab/test.so")
fileR = data.frame(read.table("file.txt", sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE))
fileFromC = .Call("test", fileR)

之后，我从终端在R中运行错误：

 *** caught segfault ***
address 0x310000c0, cause 'memory not mapped'

如果我仅打印并返回R_NilValue，则不会显示错误。 但是我需要将C进程返回到新变量。

Answer 1

malloc()不是处理R扩展中内存分配的正确方法。

请查看R文档的第6.1节“ 内存分配”

6.1.1临时存储分配

在此，R将在对.C，.Call或.External的调用结束时回收内存。 采用

 char *R_alloc(size_t n, int size) 

每个分配n个大小字节单位。

也就是说，您将此分配器用于要从C API return的内存。

Answer 2

我可以使用下面的代码来完成所需的工作。 感谢所有合作的人。

#include <Rinternals.h>
#include <Rdefines.h>
#include <R.h>
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>

char **stripList(SEXP lst){
  int i, j, elLength;
  int len = length(lst);
  char *rans;
  SEXP col1, col2;
  char ***target = (char *) R_alloc(len, sizeof(char **));

  col1 = VECTOR_ELT(lst, 0);
  col2 = VECTOR_ELT(lst, 1);

  elLength = length(col1);

  SEXP ans = PROTECT(Rf_allocMatrix(STRSXP,elLength, len));

  target[0] = malloc(sizeof(char *) * elLength);
  target[1] = malloc(sizeof(char *) * elLength);
  for (i=0; i<elLength; i++) {
    target[0][i] = CHAR(STRING_ELT(col1, i));
    target[1][i] = CHAR(STRING_ELT(col2, i));
  }

for (int i = 0; i < elLength; i++) for (int j = 0; j < len; j++) 
  SET_STRING_ELT(ans, i + j * elLength, Rf_mkChar(target[j][i]));

  UNPROTECT(1);

  return ans;
}