从R中的NetCDF文件中提取所有级别

Question

我试图从R中的特定NetCDF文件中提取所有级别。我可以通过将每个级别提取为一行代码然后将它们组合为数据帧来手动执行此操作。 但是，当我有很多文件时，这很长。 是否可以在一个文件中提取所有43个图层？

我使用过如何使用光栅包从netcdf文件中提取所有级别？ 并以R中的级别绘制netcdf文件作为指导

本质上是来自的硝酸盐数据
https://www.nodc.noaa.gov/cgi-bin/OC5/woa18/woa18oxnu.pl的浓度为43个不同的深度。 是否可以提取特定位置的所有深度？

我可以做一个级别。 但每个级别代表一个深度。 是否可以获得所有级别？

我也不明白第三条警告信息：在.getCRSfromGridMap4（atts）：无法处理CRS的这些部分：epsg_code = EPSG：4326

我得到了一个不同的结果（1月1日为0.5），但我的同事在1月级1获得1.4。 我的错误是由于上述警告吗？

#this works
Nit_Jan <- brick("~woa18_all_n01_01.nc", stopIfNotEqualSpaced =    
FALSE, varname = "n_an", level = 1)

#this doesn't
Nit_Jan <- brick("~woa18_all_n01_01.nc", stopIfNotEqualSpaced = 
FALSE, varname = "n_an", level = 1:43)

Warning messages:
1: In if (level <= 0) { :
the condition has length > 1 and only the first element will be used 
2: In if (oldlevel != level) { :
the condition has length > 1 and only the first element will be used
3: In .getCRSfromGridMap4(atts) : cannot process these parts of the   
CRS:epsg_code=EPSG:4326

我想按深度绘制硝酸盐

Answer 1

这里有一些混淆，因为文件有“级别”（第四维）但级别数是一（所以没有第四维）。 代码可能应该检测到，但是现在你必须添加lvar=4才能获得所需的对象。

library(raster)
f <- "woa18_all_n01_01.nc"
b <- brick(f, var="n_oa", lvar=4)
b
#class      : RasterBrick 
#dimensions : 180, 360, 64800, 43  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
#resolution : 1, 1  (x, y)
#extent     : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#crs        : +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
#source     : woa18_all_n01_01.nc 
#names      : X0, X5, X10, X15, X20, X25, X30, X35, X40, X45, X50, X55, X60, X65, X70, ... 
#meters     : 0, 800 (min, max)
#varname    : n_oa 
#level      : 1 

现在你可以做到

pt <- cbind(121.5, 27.5)
e <- extract(b, pt)
e[1:5]
#[1] 10.43725 10.37617 10.23662 13.76292 13.65862

警告＃3

3：在.getCRSfromGridMap4（atts）中：无法处理CRS的这些部分：epsg_code = EPSG：4326

可以忽略; 但我会在下一个版本中修复它。 我认为这里最好的是

crs(b) <- "+init=EPSG:4326"

PS： raster的开发版现在表现得更好：

f <- "woa18_all_n01_01.nc"
brick(f, var="n_oa")
#class      : RasterBrick 
#dimensions : 180, 360, 64800, 43  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
#resolution : 1, 1  (x, y)
#extent     : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#crs        : +init=EPSG:4326 +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
#source     : woa18_all_n01_01.nc 
#names      : X0, X5, X10, X15, X20, X25, X30, X35, X40, X45, X50, X55, X60, X65, X70, ... 
#depth (meters): 0, 800 (min, max)
#varname    : n_oa 
#level      : 1