Shell 脚本编写 output 作为它运行的文件夹的名称

Question

我总共有 78 个 ATAC seq 样本，我试图从中进行峰值调用。我尝试了这个batchParallel.pl findPeaks peaks function 但我找不到 output 它是做什么的。

所以我尝试使用循环，但由于我猜不正确的参数使用，峰值文件没有被写入。

这些是我拥有所有标签的示例目录

SRR2920564  SRR2920565

我用 homer 来制作标签目录，现在我用它来进行调峰。

这是我的命令。

for d in */ ; do findPeaks $d -style factor -o auto "${d}.txt" ; done 

我确实运行了它成功运行的循环，每个文件都写为相应文件夹中的 peak.txt。

我需要的是所有的 peakfile 都应该写为目录名。

我在这里问了一个问题，我在哪里做了我建议的事情，但它有效，但不是我想要的。

后来我试过这个

 for d in */; do findPeaks ${d} -style factor -o auto ${d}/$(basename $d)_peakFile.txt;done

但结果是我在每个文件夹中都得到了 peak.txt，而不是像如果目录是“ SRR2920564 ”那么我的峰值文件应该写在与SRR2920564.txt相同的目录中

任何建议或帮助将不胜感激。