使用 pROC 将 R 中的 function 写入 plot ROC 曲线

Question

我正在尝试根据不同的评分系统编写 function 到 plot ROC 曲线我必须预测结果。

我有一个 dataframe data_all，列“score_1”和“Threshold.2000”。 我根据需要使用以下内容生成 ROC 曲线：

plot.roc(data_all$Threshold.2000, data_all$score_1)

我的目标是为许多不同的结果（例如 Threshold.1000）和分数（score_1、score_2 等）生成 ROC 曲线，但我最初试图为不同的分数设置它。 我的function如下：

roc_plot <- function(dataframe_of_interest, score_of_interest) {
plot.roc(dataframe_of_interest$Threshold.2000, dataframe_of_interest$score_of_interest)}

我收到以下错误： roc.default(x, predictor, plot = TRUE, ...) 中的错误：未提供有效数据。

如果有人能发现我的 function 不起作用的原因，我将不胜感激，我是 python 编码器和 R 的新手。 并没有太多的运气尝试了许多不同的事情。 非常感谢。

编辑：这是与 mtcars 相同的示例，因此它是可重现的：

data(mtcars)
plot.roc(mtcars$vs, mtcars$mpg) # --> makes correct graph
roc_plot <- function(dataframe_of_interest, score_of_interest) {
plot.roc(dataframe_of_interest$mpg, dataframe_of_interest$score_of_interest)}

结果： roc.default 中的错误（x，预测器，plot = TRUE，...）：未提供有效数据。 roc_plot（mtcars，vs）

Answer 1

这是一种可以按需要工作的解决方案（即让用户为score_of_interest指定不同的值）：

library(pROC)
data(mtcars)

plot.roc(mtcars$vs, mtcars$mpg) # --> makes correct graph

# expects `score_of_interest` to be a string!!!
roc_plot <- function(dataframe_of_interest, score_of_interest) {
    plot.roc(dataframe_of_interest$vs, dataframe_of_interest[, score_of_interest])
}

roc_plot(mtcars, 'mpg')
roc_plot(mtcars, 'cyl')

请注意，您的错误不是由不正确的列名引起的，而是由于对data.frame class 的错误使用引起的。 注意更简单的 function 会发生什么：

foo <- function(x, col_name) {
    head(x$col_name)
}
foo(mtcars, mpg)
## NULL

这将返回NULL 。 So in your original function when you tried to supply plot.roc with dataframe_of_interest dataframe_of_interest$score_of_interest you were actually feeding plot.roc a NULL .

当该名称存储在 object 中时，有几种方法可以通过列名称从data.frame中提取列（当您将其作为函数中的参数传递时，您正在执行此操作）。 也许最简单的方法是记住data.frame就像一个二维数组类型 object ，因此我们可以使用熟悉的object[i, j]语法，但我们要求所有行并按名称指定列，例如， mtcars[, 'mpg'] 。 如果我们将字符串'mpg'分配给 object，这仍然有效：

x <- 'mpg'
mtcars[, x]

这就是我提出解决方案的方式。 更进一步，不难想象如何同时提供score_of_interest和threshold_of_interest ：

roc_plot2 <- function(dataframe_of_interest, threshold_of_interest, score_of_interest) {
    plot.roc(dataframe_of_interest[, threshold_of_interest], 
             dataframe_of_interest[, score_of_interest])
}

roc_plot2(mtcars, 'vs', 'mpg')