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如何解决 LDassoc 中的错误

[英]How do I resolve errors in LDassoc

原文 2019-11-19 12:31:44 6 0 error-handling/ bioinformatics/ ld

我正在将我的 GWAS 关联文件与四个不同的人群进行比较。 我在使用 LDlink (LDassoc) 时遇到问题。 尽管以具有以下结构的 TSV 格式上传我的文件：

1 rs4970405 1088878 G 添加 1811 0.8812 -1.17 0.2421

等等。我在 500000bp window 中为 rs6983267 提供 select，但是我收到以下错误关联文件缺少原始变体 rs6983267 的 p 值。

8 rs6983267 128482487 T ADD 1811 0.7218 -4.922 8.57e-07

可以看到，我的 p 值并没有丢失，列选择器将最后一列识别为 P 值。 同样，我收到以下错误：code: 200 – parsererror 如果我尝试定义一个区域。 我该怎么办？ 我该如何解决？

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