如何传递此Shell脚本的路径？

Question

这个叫作prepareFastaRef.command小型Shell脚本应该接收我提供的文件名作为参数，并基于该文件名生成路径，然后在该文件上运行命令。 看起来像：

#!/bin/bash

REF="~/Dropbox/phd/fastarefs/$1"
echo "$REF"

samtools faidx "$REF"

我从命令行使用以下命令运行它：

prepareFastaRef.command test.fa

但是它似乎无法找到该文件：

[E :: fai_build3_core]无法打开我的文件〜/ Dropbox / phd / fastarefs / test.fa

该问题不是特定于程序samtools因为我与其他人有相同的问题。 我可以确认其中有100％的文件test.fa

我感到困惑的是，仅此命令即可完美运行：

samtools faidx ~/Dropbox/phd/fastarefs/off_aa1.fa

因此，如何在Shell脚本中传递路径似乎是一个问题。

我想念什么？