有没有办法生成 rmarkdown 文档的缓存版本，然后直接从缓存生成多个输出？

Question

我正在执行一些我想从中生成报告的计算密集型操作。 我正在尝试使用 bookdown 或直接 rmarkdown。 基本上我想要一个 html_document 报告和一个 word_document 报告。

我的 .Rmd 文件如下所示：

---
title: "My analysis"
author: "me"
date: '2019-12-17'
output:
  bookdown::word_document2:
    highlight: tango
    df_print: kable
    reference_docx: Word_template.docx
    toc: yes
    toc_depth: 2
    fig_caption: yes
  bookdown::html_document2:
    theme: yeti
    highlight: tango
    df_print: paged
    toc: yes
    toc_depth: 2
    fig_caption: yes
    keep_md: yes
---
***

```{r child = 'index.Rmd', cache=TRUE}
```

```{r child = '01-Read_in_raw_data.Rmd', cache=TRUE}
```

```{r child = '02-Add_analysis.Rmd', cache=TRUE}
```

发生的情况是 html 和 word 文档被分别缓存，这 a) 耗时，因为它们运行两次 b) 由于某些导出的文件在缓存时产生问题而烦人（它们是在第一次编织操作期间生成的，但已经存在）对于第二个和后续的并产生错误）。

我试过只生成 .md 文件，但它并没有改变问题 (a) 并且我只是从带有 pandoc 的 .md 输入中得到非常难看的报告。

有没有人有更优雅的方法来做到这一点？

Answer 1

哦，我能感觉到你的痛苦。 这是我的解决方案。 我基本上不会在降价文档中进行昂贵的计算。 相反，我在 R 文档中执行它们。 然后我可以存储结果，然后当然也可以重新加载它们。 很酷的事情是现在我可以使用工作区中的数据来创建一个 Markdown 文档，然后编织它。

library(rmarkdown)
library(knitr)

rmd_code <- function(){
    paste0(
        "---
title: \"My analysis\"
author: \"me\"
date: '2019-12-17'
output:
  bookdown::word_document2:
    highlight: tango
    df_print: kable
    reference_docx: Word_template.docx
    toc: yes
    toc_depth: 2
fig_caption: yes
  bookdown::html_document2:
    theme: yeti
    highlight: tango
    df_print: paged
    toc: yes
    toc_depth: 2
    fig_caption: yes
    keep_md: yes
---
***

```{r child = 'index.Rmd', cache=TRUE}
```

```{r child = '01-Read_in_raw_data.Rmd', cache=TRUE}
```

```{r child = '02-Add_analysis.Rmd', cache=TRUE}
```
"
    )
}

# write the Rmd code into a file
cat(rmd_code()
    , file = "bla.Rmd")

# knit this R-Markdown file now
render(input = "bla.Rmd"
       , output_file = "yourOutPutFile.html")

# and now delete the R-Markdown file again
file.remove("bla.Rmd")

这样就可以使用您已经在 Rmd 上完成的计算，而无需每次都重新运行所有计算。

Answer 2

默认情况下，缓存数据库的路径（由knitr生成）取决于 R Markdown 输出格式。 这就是为什么必须为不同的输出格式（如 HTML 和 Word）重新生成缓存的原因。 要将缓存数据库的相同副本用于所有输出格式，您可以手动指定不依赖于输出格式的路径，例如，

```{r, setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(cache.path = 'a/fixed/directory/')
```

但是，请注意，每种输出格式使用自己的缓存路径肯定是有原因的：R 代码块的输出可能取决于输出格式。 例如，对于 Word 输出，绘图可能使用 Markdown 语法![](...)写出，但对于 HTML 输出可能会变成<img src="..." /> 。 如果您确定您的代码块没有任何副作用（例如，生成绘图和表格），您可以安全地使用缓存数据库的固定路径。 通常我不建议您为整个文档打开cache = TRUE （因为缓存很难），而只缓存耗时的特定代码块。