从具有交互项的线性混合效应模型的效应包中提取部分残差

Question

我正在运行一个带有交互项的线性混合效应模型。

library(lme4)
library(effects)
data<-mtcars
model<-lme4::lmer(mpg~cyl + hp*gear+ disp + (1|carb), REML=T, data=data)

# The partial residuals appear on the default effect() plot
plot(effect("hp:gear",partial.residuals=TRUE, model))

# But partial residual values are not included when saving as a dataframe
residuals <- as.data.frame(effect("hp:gear",partial.residuals=TRUE, model))

知道如何从 effects() 中提取具有交互项的 LMEM 的部分残差吗？

Answer 1

部分残差是由plot()方法计算的，而不是Effect() ，因为在计算部分残差之前，有必要知道每个面板中的哪些点，网格图中的面板函数可用的信息。

使用的方法在 J. Fox 和 S. Weisberg（2018 年），“具有部分残差预测效应图的复杂回归模型中的可视化拟合和缺乏拟合” ，统计软件杂志87:9, 1-27 （其中在?Effect引用）。

Answer 2

首先，运行问题中的建模代码。 然后，保存函数effects的输出。

eff <- effect("hp:gear", partial.residuals = TRUE, model)

现在， resid(eff)给出残差。 由于问题要求部分残差，请查找它们：

grep("resid", names(eff))
#[1] 12 13

names(eff)[grep("resid", names(eff))]
#[1] "residuals"               "partial.residuals.range"

并使用第二个名称提取列表成员"partial.residuals.range" 。

eff$partial.residuals.range
#[1] 10.4 33.9

对于所有的部分残差，它们被定义为

predict(model) + resid(model)

range(predict(model) + resid(model))
#[1] 10.4 33.9