`pydot` 调用 GraphViz 失败。请安装 GraphViz 并确保其可执行文件在 $PATH 中

Question

我的 jupyter 服务器在 gcp 深度学习虚拟机中运行。

我正在尝试在 Jupyter 笔记本单元中打印模型。

import os, sys
from utils.models.alexnet import alexnet
from keras.utils.vis_utils import plot_model
from keras.optimizers import SGD

model = alexnet(len(class_names))
model.summary()
plot_model(model, to_file="alexnet_model.png", show_shapes=True)

我收到这个错误

`pydot` failed to call GraphViz.Please install GraphViz ([https://www.graphviz.org/](https://www.graphviz.org/)) and ensure that its executables are in the $PATH.

我已经在我的机器上正确安装了 Graphviz

apt-get install graphviz

stat /usr/bin/dot
  File: /usr/bin/dot
  Size: 10568       Blocks: 24         IO Block: 4096   regular file
Device: 801h/2049d  Inode: 142872      Links: 1
Access: (0755/-rwxr-xr-x)  Uid: (    0/    root)   Gid: (    0/    root)
Access: 2020-02-10 11:48:19.416617639 +0000
Modify: 2017-02-19 10:32:17.000000000 +0000
Change: 2019-12-13 01:47:41.084977709 +0000

还安装了 python 包 pydot、pydot-ng、pydotplus。

这是我的路径变量

echo $PATH
/usr/local/cuda/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games

/user/bin包含在这里。

编辑

在 jupyter notebook shell 中执行时。

print(os.environ["PATH"])

/usr/local/cuda/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games

另一个奇怪的事情

我有一个简单的图像数据集，包含 3 个类，总共大约 2000 个图像。 在我的 jupyter notebook 中，我首先处理图像并将其加载到内存中。 接下来是创建模型并打印它。 使用简单的数据集，它可以正常工作。 当我处理大型数据集时会发生这种情况。

Answer 1

我也得到了同样的东西，所以我在 conda install pydot 之后安装了 conda install python-graphviz

Answer 2

我有同样的问题，我按照Prerna Verma的回答解决了它。 顺便说一下，在 Linux Env​​s 中使用 graphviz 需要三个步骤：

1. sudo apt-get install graphviz （如果您是 Windows 用户，请下载并安装 graphviz ）

2. conda install pydot

3. conda install python-graphviz

然后，你可以使用它！

Answer 3

conda仅安装graphviz二进制文件，但您还需要安装 Python 依赖项。 所以安装它们：

conda install graphviz    

conda install python-graphviz

Answer 4

这为我解决了这个问题：

sudo apt install python-pydot python-pydot-ng graphviz

参考问题： https : //github.com/WillKoehrsen/Data-Analysis/issues/36