如何在log-lin中绘制R中的时间序列？

Question

这是基本代码，对这个答案表示赞赏：

require(RCurl)
require(foreign)
x = getURL("https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_19-covid-Confirmed.csv")
corona = read.csv(text = x, sep =",",header = T)
Italy <- corona[corona$Country.Region=='Italy',][1,5:ncol(corona)]
library(xts)
plot(xts(unlist(Italy), 
         order.by = as.Date(sub("X", "", names(Italy)),"%m.%d.%y")),
         ylim=c(0,20000), main="Number Cov-19 Italy")

当然，我想在y轴上的值是案件数量，在这里，而是我得到的实际日志基地2，如果我跑是这样的：

LogItaly <- log2(Italy[,30:ncol(Italy)])
plot(xts(unlist(LogItaly), 
         order.by = as.Date(sub("X", "", names(LogItaly)),"%m.%d.%y")),
     main=expression(paste(2^y, " - Doubling of no. cases Cov-19 ITL")), 
     ylim=c(0,16))

Answer 1

您可以使用 ggplot2 生成一个类似的图形，其中 Y 轴按照您的预期进行了转换。

require(ggplot2)
ts_data=xts(unlist(Italy),order.by = as.Date(sub("X", "", names(Italy)),"%m.%d.%y"))
base_breaks<-function(n=10){
    function(x){
        axisTicks(log10(range(x,na.rm=TRUE)),log=TRUE,n=n)
    }
}
ts_dataframe=data.frame(time=index(ts_data),cases=coredata(ts_data))
p<-ggplot(data=ts_dataframe[30:dim(ts_dataframe)[1],],aes(time,cases))+
      geom_line()+
      scale_y_continuous(trans='log2',breaks=base_breaks())+
      scale_x_date(date_breaks="3 days",date_minor_breaks="1 days")+
      xlab("time")+
      ylab("cases")+
      labs(title="Number Cov-19 Italy")+
      theme_bw()

有关将 xts 转换为数据框的更多信息，您可以查看这里。