pymatgen 的命令行实用程序

Question

我已经安装了 python 包 pymatgen 并且当我在我的 Jupyter 笔记本中使用它时它完美地工作。 但是，现在我想按照此处指定的方式进行 POSCAR 设置： https : pmg config -p <EXTRACTED_VASP_POTCAR> <MY_PSP>但是当我运行时： pmg config -p <EXTRACTED_VASP_POTCAR> <MY_PSP> （使用我的目录）在我的命令行（ Linux），它找不到它，我收到错误消息：

Command 'pmg' not found, did you mean:

  command 'mg' from deb mg
  command 'pmc' from deb linuxptp
  command 'pig' from deb bsdgames
  command 'pmi' from deb powermanagement-interface
  command 'pmw' from deb pmw
  command 'vmg' from deb vmg
  command 'pms' from deb pms
  command 'pm' from deb powerman
  command 'peg' from deb peg

编辑：我找到了文件“pmg”，它看起来如下：

#!/home/ramfrey/anaconda3/bin/python

# -*- coding: utf-8 -*-
import re
import sys

from pymatgen.cli.pmg import main

if __name__ == '__main__':
    sys.argv[0] = re.sub(r'(-script\.pyw?|\.exe)?$', '', sys.argv[0])
    sys.exit(main())

如果我运行python pmg我得到错误：

Traceback (most recent call last):
  File "pmg", line 7, in <module>
    from pymatgen.cli.pmg import main
ImportError: No module named pymatgen.cli.pmg

但是这个确切的模块“pymatgen.cli.pmg”我可以毫无问题地导入到我的 jupyter notebook 中。 而且我还是不太明白，在安装指南中，它说应该直接运行“pmg config...”

Answer 1

问题确实是我使用了错误的 python 版本来运行 pmg 脚本（这是一台具有许多不同 python 版本的工作计算机，我使用的是 python 3.7.6，但有一个旧的 python 2.7 设置为默认值，使用当 jus 运行“python pmg”时）。 我在我的 /home/username/anaconda3 中运行conda activate base ，然后运行python pmg etc. ，它工作正常。