如何制作混淆矩阵的堆叠条 plot

Question

我有两个分类变量，我想通过交叉表进行比较。 我做了一个扩展方形列联表的虚拟示例，其中 X 的类别在表的行中，而 Y 的相同类别序列在表的列中。 该表总结了 X 和 Y 之间的关联。

表的对角线条目给出了 X 类别与 Y 类别匹配的观测值的数量，在这种情况下，观测值是该类别的命中数。 每个非对角线条目是 X 类别的误报和 Y 类别的未命中。

扩展方形列联表

我想制作一个像 graph1 这样的堆积条形图，它显示表格的每一行，其中填充的 colors 来自列（Y 变量）。 最后两个条显示每个类别的未命中和误报。

我设法制作了两个单独的图表。 下面的代码生成graph1 的前四行。

# Create Dummy Input
sample.mtxx <- matrix(c(1,0,2,0,0,3,0,3,2,3,3,0,0,0,0,3), nrow = 4)
categories <- c("A","B","C","D")
colnames(sample.mtx) <- paste(categories)
rownames(sample.mtx) <- paste(categories)

# Change from wide to long format
g1.df <- melt(sample.mtx)
# Zero sizes were causing problem so I removed them.
g1.df <- g1.df[g1.df$value!=0,]

# Add a label column to show "Hit".
g1.df$label <- ifelse(g1.df$Var1==g1.df$Var2, "Hit", as.character(""))

# Plotting
plot1 <- ggplot(data=g1.df, mapping=aes(fill=Var2, y=value, x=Var1, label = label))+
  geom_bar(width = 0.6, position="stack", stat="identity")+
  labs(x="Table Feature", y="Entry size as the number of observations", title="Entry Size") +
  geom_text(size = 4, position = position_stack(vjust = 0.5))+
  coord_flip()+
  theme_bw()+
  scale_x_discrete(limit = c("D", "C", "B", "A"))+
  scale_y_discrete(limits=seq(0,10,1))+
  theme(plot.title = element_text(family = "Times", color = "#353535", 
                                  face = "bold", size = 12, hjust = 0.5))+
  theme(legend.position = "bottom", legend.title = element_blank())+
  theme(
    panel.grid.major.y = element_blank(),
    panel.grid.minor.y = element_blank()
  ) 

显示结果。 问题是堆叠条中的组件顺序不正确。 如果有人能解释一下，我将不胜感激我该如何安排该栏的组件？

对于 plot 未Misses and False Alarms这是我编写的代码：

# Hits, False Alarm, and Miss
hits <- diag(sample.mtx)
false.alarms <- rowSums(sample.mtx) - hits
misses <- colSums(sample.mtx) - hits

# Make a data frame
g1.df1 <- as.data.frame(cbind(categories, misses, false.alarms))

# Change it to long format and get rid of zero sizes.
g1.df1.m <- melt(g1.df1, id.vars="categories")
g1.df1.m <- g1.df1.m[g1.df1.m$value!=0,]

# Plotting
plot2 <- ggplot(data=g1.df1.m, inherit.aes = FALSE, mapping=aes(fill=categories, y=value, x=variable))+
  geom_bar(width = 0.6, position="stack", stat="identity")+
  coord_flip()+
  theme_bw()+
  theme(legend.position = "none")+
  scale_x_discrete(limit = c("misses", "false.alarms"))+
  scale_y_discrete(limits=seq(0,10,1))

我对这个 plot 很满意。 但我想要的是在一个 plot 中同时拥有 plot1 和 plot 2，就像我在图 1 中显示的那样。 谁能提供有关如何从不同数据框中绘制堆积条形图的指导。 或者有没有更好的方法来制作graph1。

Answer 1

“如何安排酒吧的组件？”

诀窍是使用类型因子列的levels属性（例如，此处的类别）。 您需要反转命令。

我想要的是在一个 plot 中同时拥有 plot1 和 plot 2 ，就像我在graph1中显示的那样。

如果您只想使用您的代码重现Graph1 ，则此方法有效：

#-------------------
#Data wrangling
colnames(g1.df)[1] <-categories; colnames(g1.df)[2] <- variable; #change the names similar to 2nd df
g1.df1.m[,3] <- as.numeric(g1.df1.m[,3]);# changing column type from character to numeric as the correpsonding column in `g1.df` is numeric.
g1.dfCombined <- g1.df %>% bind_rows(g1.df1.m); #merging two dfs.
#this is the part that reverses the order:
g1.dfCombined$categories <- factor(g1.dfCombined$categories, rev(levels(g1.dfCombined$categories)))

#-------------------
#Plotting: (all same except dropped `scale_x_discrete(limit = c("D", "C", "B", "A"))`)
ggplot(data=g1.dfCombined, mapping=aes(fill=categories, y=value, x=variable, label = label))+
 geom_bar(width = 0.6, position="stack", stat="identity")+
 labs(x="Table Feature", y="Entry size as the number of observations", title="Entry Size") +
 geom_text(size = 4, position = position_stack(vjust = 0.5)) +
 coord_flip()+theme_bw() + scale_y_discrete(limits=seq(0,10,1)) +
 theme(plot.title = element_text(family = "Times", color = "#353535", face = "bold", 
 size = 12, hjust = 0.5)) +
theme(legend.position = "bottom", legend.title = element_blank()) +
theme(panel.grid.major.y = element_blank(), panel.grid.minor.y = element_blank())

注意：使用不同的值可能是个好主意（例如，使用1,2,3, ...而不是A,B,C categories因为后者与两个不同的变量 category & variable一起使用两次，这可能会造成混淆。 )