将参考点和线添加到 geom_line() plot

Question

我有一个像`dat1这样的数据框：

dat1 <- data.frame(idx = 1:200,
                   fit = rnorm(200,10,0.5))
cis <- data.frame(uci=dat1$fit+0.5,
                  lci = dat1$fit-0.5)
dat1 <- cbind(dat1,cis)

我还有 3 个其他对象，我在其中存储了 dat1 的“兴趣点”（或poi1:3 ）。

poi1 <- c(30,59,120,150)
poi2 <- c(10,42,110,165,190)
poi3 <- c(50, 100)

我使用以下代码为dat1行：

p<-
ggplot(dat1, aes(x=idx, y=fit))+
  geom_line()+
  geom_ribbon(aes(ymin = lci, ymax = uci), alpha = 0.3)+
  labs(x="Distance", y="Var1")
p

我想强调这条线上的“兴趣点”。 我想突出显示poi1红色的点、 poi2蓝色的点和poi3绿色的点。 我可以使用geom_vline()使它们全部垂直：

p+
  geom_vline(xintercept =poi1, color="red")+
  geom_vline(xintercept = poi2, color = "blue")+
  geom_vline(xintercept = poi3, color = "green")

但我实际上希望poi1和poi2的点是蓝色和红色点（而不是线，并将poi3为垂直的绿线），或者是geom_vline所做的“更短”的版本（无论是上面还是下面黑线）。 我无法让geom_point()行为正确并执行此操作。 我是否需要以不同的方式对其进行格式化，或者我该如何完成？ 另外，我接下来如何在顶角添加一个图例，表示哪条线/点和颜色表示哪组poi ？ 例如，如果它们是点（加上绿线），它将有一个红点并说“poi1”，在单词“poi2”旁边有一个蓝点，在作品“poi3”旁边有一条小绿线

Answer 1

添加彩色点的最直接方法可能是单独调用geom_point并提供poi1 、 poi2和poi3作为子集 plot 的方法。

所以，代码看起来像这样：

p +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], color='red', size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], color='blue', size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi3),], color='green', size=3)

这里的一个问题是没有提到那些 colors 应该是什么（如......传说）。 如果要添加它，可以将color=放在aes(...)中，以便创建图例键，并在其中指定键项的名称（例如aes(color="name of item 1") ） . 然后你需要一个scale_color_manual(...)调用来专门设置 colors ......或者你可以不使用scale_color_manual object 并把它留给ggplot来确定配色方案。

在图例中手动分配 colors：

p + 
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], aes(color='poi1'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], aes(color='poi2'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi3),], aes(color='poi3'), size=3) +
  scale_color_manual(values=list('poi1'='red','poi2'='blue','poi3'='green'))

无需手动颜色分配。 ggplot只使用主题的默认调色板。

p + 
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], aes(color='poi1'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], aes(color='poi2'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi3),], aes(color='poi3'), size=3)

添加一条垂直线并在图例中显示

与此解决方案评论中的后续问题相关：您如何为 xintercept=poi3 添加一条垂直线并在图例中显示？

您可以使用xintercept=的单独值添加对geom_vline的单独调用，但如果您有很多，这只是一种不好的做法。 一种更好的做法是进行一次geom_vline调用，将data=设置为poi3 。 ggplot希望接收 dataframe 作为data= ，所以在下面的代码中你会看到我通过as.data.frame(... "，所以这就是我们将分配为xintercept=审美的东西。这有效......但你会发现它不太正确：

p +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], aes(color='poi1'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], aes(color='poi2'), size=3) +
  geom_vline(data=as.data.frame(poi3), aes(xintercept=poi3, color='poi3'),
    linetype=2, size=1) +
  scale_color_manual(values=list('poi1'='red','poi2'='blue','poi3'='green2'))

绿线添加到图例中，但它在所有点的“后面”添加为线 + 点。 我们想要的是一个单独的图例。 ggplot2尝试在可能的情况下合并图例。 我们要做的是一种欺骗，即强制ggplot2为linetype创建另一个图例，并在geom_vline调用中在aes()之外设置color='green2' 。 这将从为“颜色”创建的图例中删除线的颜色，并为“线型”添加另一个图例，仅显示我们的线。 最后的解决方法是通过scale_manual_linetype设置linetype的值。 由于这里只有一个键，因此您只需要一个值。

p +
geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], aes(color='poi1'), size=3) +
geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], aes(color='poi2'), size=3) +
geom_vline(
    data=as.data.frame(poi3), aes(xintercept=poi3, linetype='poi3'),
    color='green2', size=1) +
scale_color_manual(values=list('poi1'='red','poi2'='blue')) +
scale_linetype_manual(values=2)