使用 R 中的列表对 data.frame 进行子集有时但并非总是如此？

Question

我正在尝试使用另一个数据帧（file2）的行名对 R 中的 data.frame（file1）进行子集化。 file2 中的总行数是 166，如果我进一步对其进行子集化，它会减少到 50。现在这是有趣的部分：如果我在子集化后使用 file2 的行名（50 行），创建一个包含 50 个字符的列表并然后使用该列表子集 dataframe 的 file1 子集工作正常！

file2 <-subset(file2, Compartment=="Feces")
file2=droplevels(file2, reorder=FALSE)
list=rownames(file2)
new=file1[list, ]

但是，如果我按原样使用 file2（所有 166 行）而不设置子集，那么它不起作用！ 它将 file1 减少到 166 行，但行中充满了 NA，并且一些行名（特别是以 ET 开头的行名和更多行名）已经丢失！

list=rownames(file2)
new=file1[list, ]

此处提供文件 1 和 2： https://filebin.net/zrzax0qt6n1gwszu

Answer 1

只是扩展@AntoniosK 的评论，这可能会发生在您的第二个文件中，您有一些第一个文件中不存在的行名。 因此，R 会生成空行。

您可以使用以下命令检查不是file2的所有行名都存在于file1中

intersect(rownames(file1), rownames(file2))
#   [1] "C1"  "C10" "C11" "C12" "C13" "C14" "C15" "C16" "C17" "C18" "C19" "C2"  "C20" "C21" "C22"
#  [16] "C23" "C24" "C25" "C26" "C27" "C28" "C29" "C3"  "C30" "C32" "C33" "C34" "C35" "C36" "C37"
#  [31] "C38" "C39" "C4"  "C40" "C41" "C42" "C43" "C44" "C45" "C46" "C47" "C48" "C49" "C5"  "C50"
#  [46] "C51" "C52" "C53" "C54" "C55" "C56" "C57" "C58" "C59" "C6"  "C60" "C7"  "C8"  "C9"  "F1" 
#  [61] "F10" "F11" "F12" "F13" "F14" "F15" "F16" "F17" "F18" "F19" "F2"  "F20" "F21" "F22" "F23"
#  [76] "F24" "F25" "F26" "F27" "F28" "F29" "F3"  "F30" "F31" "F32" "F33" "F34" "F35" "F36" "F37"
#  [91] "F38" "F39" "F4"  "F40" "F41" "F42" "F43" "F44" "F45" "F46" "F47" "F48" "F49" "F5"  "F50"
# [106] "F6"  "F7"  "F8"  "F9" 

这是一个长度为 109 的向量，而不是 166 作为file2的行。

为避免您遇到的问题，您可以在行名之间使用%in%运算符

new <- file1[rownames(file1) %in% rownames(file2), ]

根据file2的行名，哪个子集file1 。 在这种情况下， new是一个 dataframe，实际上有 109 行，没有空/NA 条目。