来自 pandas dataframe 的边缘列表，具有不同颜色的节点

Question

我有以下数据框：

Src  Dst
A    [A,B]
B    [B,A]
C    [C]
D    [D,E,F]
E    [E,D,F]
F    [F,D,E]
...

我想生成一个网络，其中Src是节点， Dst是边，并且新列Weight可以为A或 D 的节点分配不同的颜色（绿色），而其他的都是相同的（例如蓝色的）。

我试过如下：

创建一个新列权重

nd=["A","D"]
df['Weight'] = np.where(df.Src.isin(nd), 1, 0)

问题出在我不知道如何分配颜色，所以我只是尝试为 A 或 D 分配值 1，为所有其他值分配值 0，并分别更改颜色。

对于图表，我使用了以下

G = nx.from_pandas_edgelist(df, 'Src', 'Dst')

上面的代码行与 Dst 中的节点的行没有连接，我无法理解原因。
我发现了一些可能有助于分配颜色的东西：

   colors=[]
for n in df.Src:
    if n in df.Weight:
        colors.append('g')
    else:
        colors.append('b')

# nodes
nx.draw_networkx_nodes(G,pos, node_color = colors)

但我有这个错误：

ValueError: 'c' 参数有 79 个元素，与大小为 76 的 'x' 和 'y' 不一致。

下图与我预期的 output 类似（ A和D节点为绿色，其他为蓝色，以及基于Dst数据的链接；请注意，下图目前既不再现预期的颜色，也不再现预期的边缘）。

你能帮我给我一些建议吗？

Answer 1

这是一种方法：

df["color"] = "blue"
df.loc[df.Src.isin(["A", "D"]), "color"] = "green"

# The following line is needed because, at least in the way my dataset 
# is created, 'Dst' is not a list but rather a string. 
# For example, Dst of 'A' is the string "[A,B]". Here, 
# I'm converting it to the list ["A", "B"]
# If your data doesn't need this, just comment this line out. 
df["Dst"] = df.Dst.apply(lambda x: x[1:-1].split(","))

G = nx.from_pandas_edgelist(df.explode("Dst"), 'Src', 'Dst')
nx.draw(G, node_color = df.color)

output 是：

Answer 2

如果其他人遇到 plt.scatter colors vs x,y 尺寸不匹配问题，您可以通过从节点手动映射 colors 来解决它。 我的例子是一个多图：

graph = nx.from_pandas_edgelist(df, 'source', 'target', edge_key='node_type', edge_attr=['edge_id'], 
                         create_using=nx.MultiGraph)

nodes = graph.nodes()
colors = ['blue' if node in old_nodes else 'yellow' for node in nodes]

plt.figure(figsize=(64,48))
nx.draw(graph, with_labels=True, font_weight='bold', node_color=colors)