使用 Python 和 rpy2 调用 R 包数据

Question

我想在 Python 中使用 R 包library(ISLR)中的Auto数据。 我做了一些受rpy2 简介启发的测试，如下所示：

from rpy2 import robjects
from rpy2.robjects.packages import importr, data
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

datasets = importr('datasets') # data(mtcars) in library(datasets)
mtcars = data(datasets).fetch('mtcars')['mtcars']

ISLR = importr('ISLR') # data(Auto) in library(ISLR)
Auto = data(ISLR).fetch('Auto')['Auto']

#r_df = mtcars # success!!!
r_df = Auto # fail???

df = pandas2ri.ri2py(robjects.DataFrame(r_df))
df.info()

然后我可以成功测试data(mtcars) in library(datasets) ，而data(Auto) in library(ISLR)中的测试data(Auto) in library(ISLR)显示错误为

Parameter 'categories' must be list-like

我该如何解决这个问题？

Answer 1

您使用的是什么版本的 rpy2？ 我正在使用在 Conda 环境中使用 pip 安装的 rpy2-3.3.6 和 R-4.0.3（来自 conda-forge）和 Python-3.6.11（来自 conda- forge ），我能够读取两个mtcars来自数据集以及来自ISLR 的Auto 。 请检查我在下面得到的结果

我认为您看到的错误可能是配置/依赖项的错误或副作用。 您应该将 rpy2 版本升级到更新的 >= 3.3.0 并仔细检查依赖项。

请查看这篇文章，了解 rpy2 Pandas的功能如何随时间变化- 如何将 r 数据帧转换回 Pandas？

这是我的命令行中的整个序列：

Python 3.6.11 | 由 conda-forge 打包 | （默认，2020 年 8 月 5 日，20:09:42）Linux 上的 [GCC 7.5.0] 输入“help”、“copyright”、“credits”或“license”以获取更多信息。

Importing relevant libraries

>>> import rpy2.robjects as ro
>>> import rpy2.robjects.packages as rpackages
>>> from rpy2.robjects.vectors import StrVector
>>> from rpy2.robjects.packages import importr, data

Importing packages and reading in the data

>>> datasets = importr('datasets')
>>> mtcars = data(datasets).fetch('mtcars')['mtcars']

>>> ISLR = importr('ISLR')
>>> Auto = data(ISLR).fetch('Auto')['Auto']

>>> r_df_mtcars = mtcars (using labels to clarify origin of data)
>>> r_df_Auto = Auto

Converting R Data frames into Pandas Data frames
*Note* the function **conversion.rpy2py** New from rpy2 version 3.3.0

>>> pd_df_mtcars = ro.conversion.rpy2py(r_df_mtcars)
>>> pd_df_Auto = ro.conversion.rpy2py(r_df_Auto)

Examine the data using the Pandas head() for both

>>> pd_df_mtcars.head()
                    mpg  cyl   disp     hp  drat     wt   qsec   vs   am  gear  carb
Mazda RX4          21.0  6.0  160.0  110.0  3.90  2.620  16.46  0.0  1.0   4.0   4.0
Mazda RX4 Wag      21.0  6.0  160.0  110.0  3.90  2.875  17.02  0.0  1.0   4.0   4.0
Datsun 710         22.8  4.0  108.0   93.0  3.85  2.320  18.61  1.0  1.0   4.0   1.0
Hornet 4 Drive     21.4  6.0  258.0  110.0  3.08  3.215  19.44  1.0  0.0   3.0   1.0
Hornet Sportabout  18.7  8.0  360.0  175.0  3.15  3.440  17.02  0.0  0.0   3.0   2.0
>>> pd_df_Auto.head()
    mpg  cylinders  displacement  horsepower  weight  acceleration  year  origin                       name
1  18.0        8.0         307.0       130.0  3504.0          12.0  70.0     1.0  chevrolet chevelle malibu
2  15.0        8.0         350.0       165.0  3693.0          11.5  70.0     1.0          buick skylark 320
3  18.0        8.0         318.0       150.0  3436.0          11.0  70.0     1.0         plymouth satellite
4  16.0        8.0         304.0       150.0  3433.0          12.0  70.0     1.0              amc rebel sst
5  17.0        8.0         302.0       140.0  3449.0          10.5  70.0     1.0                ford torino

To convert Pandas df to R df you can use:

>>> r_mtcars_df = ro.conversion.py2rpy(pd_df_mtcars)
>>> r_Auto_df = ro.conversion.py2rpy(pd_df_mtcars)